У польсько-російських війнах першої третини ХVIІ століття запорожці виступали на боці Речі Посполитої. Але зневірені в тому, що польський уряд визнає їх права, козаки не зрідка переходили на службу до російського царя. Під тиском покозачених селян П. Сагайдачний у 1620 р. пропонував царю взяти на службу все Військо Запорозьке. Добросусідські відносини традиційно зберігалися між запорозькими та донськими козаками. Вони координували свої воєнні акції проти кримських татар і Порти, спільно нападаючи на їхні поселення, фортеці й суда.
На початку ХVIІ ст. на основі спільних інтересів в боротьбі проти султанської Туреччини встановилися міждержавні зв’язки Запорозької Січі із Західною Грузією. Запорожці використовували територію Західної Грузії для нападів на турецьке узбережжя Чорного моря, охороняли торгові каравани між Закавказзям і Центральною та Західною Європою. З появою грузинів на Запоріжжі й поселеннями запорожців в Грузії ці відносини доповнювалися економічними й родинними зв’язками. Через грузинських правителів Кошу вдалося налагодити стосунки з Персією.
Запорозька Січ мала також певні відносини з могутньою Швецією. На початку ХVIІ ст. загін запорожців на чолі з легендарним С. Кішкою брав участь у поході польського війська в Лівонію і воював проти шведів. Проте коли в 1626 р. польський уряд спробував знову схилити козаків до участі у воєнних діях проти Швеції, козацька рада виступила проти цього. Швеція в свою чергу також намагалася залучити запорожців до війни проти поляків на своєму боці. Шведська дипломатія активно діяла в цьому сенсі, а у 1631 р. з цією метою на Січ прибуло спеціальне шведське посольство. Запрошуючи запорожців на службу шведський король Карл-Густав називав їх „благородними і вільними лицарями, мужами хоробрими, володарями Дніпра й Чорного моря”. Проте в цей час союз Запорозької Січі із Швецією не склався. Але в 1708 р. кошовий отаман К. Гордієнко з частиною запорожців разом із гетьманом І. Мазепою перейшов на бік Швеції в її війні з Росією.
Правлячі кола Польщі розглядали діяльність запорозького козацтва як дестабілізуючий фактор внутрішнього життя та зовнішньополітичних відносин. Польським законодавством переселення й перебування на підконтрольних Січі землях підданим Речі Посполитої заборонялося (конституція Вального сейму 1590 р., ухвала Віленського сейму 1593 р.).
Особливості соціальних джерел формування Запорозької Січі, законодавча неврегульованість її існування сприяли розвитку Січі як антиурядової опозиції, зробили її центром соціального незадоволення в українському суспільстві.
Січ бере активну участь у козацьких та селянських повстаннях. Чимало козацьких повстань поряд із протестною спрямованістю мали державотворчі цілі. Так вже під час першого великого повстання під проводом К. Косинського (1591-1593) особливе занепокоєння польської адміністрації викликало намагання запорожців закріпити за собою визволену територію. На визволених від поляків землях запорожці вводили форми козацького устрою, а селян, міщан і шляхту приводили до присяги Війську Запорозькому. Козаками було підтримано й повстання С. Наливайка (1594-1596), до планів якого входило створення незалежної від Польщі Української держави на чолі з князем. У другій чверті ХVIІ ст. Запорозька Січ стала центром організації повстанських загонів для боротьби проти польського війська. Масштабними за розміром і наслідками були козацько-селянські повстання під проводом М. Жмайла, Т. Федоровича (Трясила), І. Сулими, Я. Острянина. Саме запорожці під проводом Б. Хмельницького розпочали переможне повстання в 1648 р. і становили ядро козацько-селянського війська у національно-визвольній війні українського народу проти польського панування.
Після 1654р. Запорозька Січ зберегла самоврядування на основі колишніх традицій суспільно-політичного ладу і намагалась проводити незалежну політику. За умовами Андрусівського перемир’я (1667 р.) вона перебувала під спільним російсько-польським контролем, а після укладення у 1686 р. «Вічного миру» відійшла до Москви. Це був своєрідний державний організм, який лівобережні гетьмани завжди вважали підлеглим у формі, близькій до васальних відносин. Проте, вона продовжувала відігравати роль опозиційного центру, приймаючи всіх, хто був незадоволений політикою гетьманів.
Діяльність запорозьких козаків, як стверджував Д. Дорошенко, досить часто причинялася не на користь державності України. За часів Руїни Запорозька Січ, не виробивши в себе сталих політичних принципів, є своєрідним центром деструктивної, а часом згубної для української козацької держави політики. Запорожці „піддержують Пушкаря проти Виговського, Брюховецького проти Сомка, Суховія і Ханенка проти Мазепи”. Політичні орієнтири Запоріжжя час від часу змінювались. Майже до кінця XVII ст. запорожці продовжували напади на татар і турків, хоча це не заважало їм інколи об’єднуватися з мусульманами чи проти гетьмана, чи проти польського короля, чи проти російського царя.