Римские императоры как верховные понтифики обычно ревностно следили за соблюдением ритуалов и предписаний традиционной религии, реставрировали храмы исконных римских божеств и покровительствовали жреческим коллегиям. Между тем еще в эпоху Поздней республики в римском обществе распространился скептицизм по отношению к традиционным культам, нередким явлением стало пренебрежение религиозными церемониями (особенно гаданиями), как бессмысленными формальностями. Официальное почитание гения императора также не вызывало у населения большого энтузиазма. В то же время обществом оказались востребованы философские и религиозные учения эллинистического Востока. Так, в эпоху Юлиев – Клавдиев и Флавиев среди представителей имущих слоев высокий авторитет завоевал стоицизм (пассивная реакция интеллектуальной элиты на авторитарную политику императоров I в.), в широких массах значительным успехом пользовалось учение киников. В восточных провинциях повсеместное признание снискали культы богов-страдальцев, умиравших и вновь воскресавших. С культами Диониса – Сабазия, Осириса – Сераписа, Аттиса и Адониса их адепты непосредственно связывали свои верования в вечную загробную жизнь.
Восточные культы стали проникать в Италию с конца III в. до н. э. С 204 г. до н. э. в Риме почиталась фригийская «великая мать богов» Кибела. Беспутство и разврат участников мистериально-оргиастического празднества в честь Вакха (Диониса, которого в Риме также отождествляли с фригийским богом Сабазием) явились причиной постановления сената 186 г. до н. э., которое наложило на вакханалии строгие ограничения, хотя и не запретило их полностью.
После восточных походов Помпея в Италии появились почитатели Митры – древнеиранского божества, которое рассматривалось в качестве символа силы и мужества. Позднее культ Митры, включавший мистерии в его честь, распространился по всей империи (в частности, поклонниками Митры были Нерон и Коммод). Начиная с принципата Августа большой популярностью в Риме пользовался мистический культ египетской богини Исиды (Калигула даже официально посвятил ей храм). Наконец, широкое распространение на территории империи получил иудаизм (культ Яхве). Численность и политическое влияние иудейской общины Рима во II–I вв. до н. э. неуклонно возрастали. Римские консерваторы и моралисты видели в иудаизме серьезную угрозу для традиционного римского уклада, основанного на «нравах предков». Время от времени римские власти осуществляли репрессивные акции (пример – изгнание иудеев и прозелитов из Рима в 139 г. до н. э. и в 19 г. н. э).
Сама Иудея попала в зависимость от Рима в 63 г. до н. э. Еще во II в. до н. э. в ней сформировались три религиозно-политические группировки: саддукеи, фарисеи и ессеи. Группировка саддукеев являлась «партией» аристократии и высшего жречества. Саддукеи были готовы к сотрудничеству с любой властью в Иудее, поэтому римляне вели с ними политический диалог. Фарисеи выражали интересы средних слоев населения и выступали как против саддукеев, так и против римского присутствия в Иудее. Они были известны своей фанатичной приверженностью религиозным традициям. Ессеи жили обособленно в своих колониях к северо-западу от Мертвого моря. Они отрицали частную собственность, рабовладение и войну, проповедовали пассивную созерцательную жизнь, отказ от политической деятельности, безбрачие и аскетизм. Учение ессеев оказало известное влияние на раннее христианство.
В эпоху эллинизма среди иудеев распространилась вера в приход посланца Яхве – мессии, который не только освободит народ Израиля от иноземного ига, но и сделает его «первым народом земли». Мессианские и эсхатологические верования усилились в период римского господства, особенно после разрушения Иерусалима и Храма (70 г.). После кровавого подавления римлянами иудейского восстания появляются зафиксированные на греческом и сирийском языках предания о земной жизни и деятельности Иисуса Христа – евангелия от Марка, Луки и Матфея (70-е гг.). Проповедник Иисус (Йешуа, ок. 7 г. до н. э. – ок. 27 г. н. э.), родившийся в иудейском городе Вифлееме при царе Ироде I Великом (40–4 гг. до н. э.) и распятый на кресте при Тиберии, стал основателем мировой религии – христианства.