Однако с течением времени старый племенной союз всё больше и больше приобретал формы классической древневосточной деспотии, отдельные элементы которой были заимствованы у египтян и вавилонян. Очевидно, непосредственно при царе состояли высшие чиновники, которые от имени царя ведали отдельными отраслями центрального управления: финансами, судом и военным делом. При царе находился и личный царский секретарь, который заготовлял царские указы. Центральная власть в лице самого царя активно вмешивалась в различные отрасли местного управления. Так, царь разбирал жалобы подданных, например, жрецов какого-либо храма, устанавливал податные привилегии, давал личное распоряжение о постройке храма или городских стен. Каждый царский указ, снабжённый его печатью, считался законом, который не подлежал отмене. Вся система управления носила ярко выраженный бюрократический характер и осуществлялась большим количеством чиновников. Царь сносился с чиновниками при помощи особых посланий. Во дворце и во всех канцеляриях царило самое тщательное письмоводство. Все распоряжения заносились в особые протоколы и дневники, которые обычно велись на арамейском языке, постепенно ставшем общегосударственным языком. Укреплению централизованного управления способствовала должность высшего государственного инспектора («око царя»), который по поручению царя выполнял ответственные функции контроля, в частности в отдельных областях.
Укреплению центральной власти способствовало далее сосредоточение судебной власти в руках царя и особых «царских судей». Эти «царские судьи» в своей деятельности исходили из принципа неограниченного самодержавия царя. Геродот рассказывает, что когда Камбиз вызвал их к себе на совещание, то они нашли «закон, дозволяющий царю персов делать всё, что бы он ни пожелал». Эти царские судьи назначались царём пожизненно, могли быть смещены только вследствие совершения преступления или обвинения во взяточничестве. Должность «царского судьи» иногда даже передавалась по наследству.
Одним из важных средств укрепления обширного Персидского государства была денежная реформа. Во всей стране обращалась единая государственная золотая монета — дарик. 3 тыс. дариков составляли наивысшую весовую и монетную единицу — персидский талант. Чеканка золотой монеты была объявлена исключительным правом центральной власти. Отныне персидский царь брал на себя гарантию точности веса и чистоты сплава единой общегосударственной золотой монеты. Поэтому «Дарий велел выплавлять золотой песок до возможно большей чистоты и из такого золота вычеканить монеты». Местные царьки и правители отдельных областей и городов получили право чеканить только серебряную и медную монету. Разменной серебряной монетой был персидский шекель, равнявшийся 1/20 дарика (5,6 грамма серебра). Одновременно с этим Дарий установил и размеры податей, которые должны были вносить в царскую казну отдельные области, соответственно своему хозяйственному развитию. Взимание податей передавалось на откуп торговым домам или отдельным откупщикам, которые наживали на этом огромные средства. Поэтому подати и откупа тяжёлым бременем ложились на население. Организация хозяйственно-финансового управления страной, тесно связанного с ростом хозяйственной жизни и особенно торговли, остроумно отмечена Геродотом в следующих словах: «Персы называют Дария торгашом за то, что он установил определённую подать и принял другие подобные меры».
Большое значение для развития торговли и координации всей хозяйственной жизни имела широкая организация дорожного строительства и службы связи. В этом отношении персы использовали большое количество древних хеттских и ассирийских дорог, приспособив их для торговых караванов, для перевозки почты и передвижения войск. Одновременно с этим был проложен и ряд новых дорог. Среди главных дорог, связывавших важнейшие торговые и административные центры, особое значение имела крупнейшая дорожная магистраль, получившая название «царской дороги». Эта дорога вела от Эгейского побережья Малой Азии до центра Двуречья. Она шла от Эфеса на Сарды и Сузы через Евфрат, Армению и Ассирию, вдоль Тигра. Не менее важная дорога шла из Вавилона через Загр, мимо Бехистунской скалы, к бактрийской и индийской границам. Наконец, особая дорога пересекала всю Малую Азию от Исского залива до Синода, соединяя район Эгейского моря с Закавказьем и северной частью Передней Азии. Греческие историки сообщают о прекрасном обслуживании этих образцовых персидских дорог. Они были разделены на парасанги (5 км) и на каждом 20-м километре была построена царская станция с гостиницей. По этим дорогам мчались курьеры с царскими посланиями. Возможно, что уже тогда пользовались огненной сигнализацией при помощи костров. На границах областей и пустынь были построены укрепления и размещены гарнизоны, что указывает на военное значение этих дорог.