Сохранение государственного единства, охрана границ и подавление восстаний внутри страны требовали организации армии и всего военного дела в целом. В мирное время постоянное войско состояло из отрядов персов и мидян, которые составляли основные гарнизоны. Ядром этой постоянной армии являлась царская гвардия, которая состояла из всадников-аристократов и 10 тыс. «бессмертных» пехотинцев. Личная охрана царя во дворце состояла из 1 тыс. воинов. Во время войны собиралось огромное ополчение со всего государства, причём отдельные области должны были выставлять определённое число воинов. Реорганизация армии и всего военного дела, начатая Дарием, способствовала росту военной мощи Персидского государства в эпоху Ахеменидов. Греческий историк Ксенофонт в несколько идеализированной форме рисует высокую степень организации военного дела в древней Персии. Судя по его рассказу, персидский царь сам устанавливал размеры войск в каждой сатрапии, количество всадников, стрелков, пращников и щитоносцев, а также численность гарнизонов в отдельных крепостях. Персидский царь ежегодно производил смотры персидских войск, в частности тех, которые были расположены вокруг царской резиденции. В более далёких областях эти военные смотры производились особыми царскими чиновниками, специально назначенными для этой цели. На организацию военного дела обращалось особенное внимание. За хорошее содержание войск сатрапы получали повышение и награды в виде ценных подарков, а за плохое содержание войск они отрешались от должностей и подвергались тяжёлым наказаниям. Большое значение для централизации военного дела и главным образом военного управления имела организация больших военных округов, объединявших несколько областей.
Для того чтобы внутренне укрепить Персидское государство, необходимо было организовать определённую систему местного управления. Ещё Кир образовал из покорённых стран большие области, которые управлялись особыми правителями, получавшими название сатрапов (от персидского «кхшатра-паван» — «блюстители страны»). Эти сатрапы были своего рода наместники царя и сосредоточивали в своих руках все нити управления областью. Они обязаны были поддерживать порядок в своей области и подавлять в ней восстания. Сатрапы стояли во главе местного суда и обладали уголовной и гражданской юрисдикцией. Они командовали войсками области, имели свою личную гвардию и ведали военным снабжением. С разрешения царя они даже могли руководить военными экспедициями против соседних стран. В руках сатрапа были сосредоточены и финансово-податные функции. Сатрапы обязаны были собирать подати, изыскивать новые налоги и все поступления передавать в царскую казну. Они же наблюдали за хозяйственной жизнью области, в частности за развитием земледелия. Наконец, они имели право назначать и смещать чиновников в пределах своей области и контролировать их деятельность. Таким образом, сатрапы, имея огромные полномочия, часто превращались в почти независимых царьков и имели свой собственный двор. Не имея возможности полностью подчинить своему контролю все части своего огромного государства, персидские цари вполне сознательно оставляли местным династам целый ряд прерогатив. Так, например, цари Киликии правили в своём царстве в качестве сатрапов до конца V в. до н. э. В Малой Азии, в Сирии, Финикии и Палестине, в Средней Азии и на далёких восточных окраинах, на границах Индии местные князья сохранили свою власть, управляя ныне своими областями от имени персидского царя. Эта чрезмерная самостоятельность местных правителей или сатрапов, часто приводила к восстаниям и требовала вмешательства персидских царей. Так, Дарий принуждён был выступить против Оройта, сатрапа Лидии, и Арианда, сатрапа Египта, и строго их покарать за их чрезмерную самостоятельность, которая выражалась порой в неповиновении персидскому царю и даже в тайном убийстве царского гонца.