Франкская Церковь утверждает свое единство на соборах, где собираются епископы разных областей. Орлеанский собор 538 года рекомендует митрополитам ежегодно собирать их суффраганов и не допускает, чтобы епископы уклонялись от этого, под предлогом принадлежности к разным королевствам. Эти соборы становятся до известной степени политическими учреждениями. Король созывает их и совещается с ними. Несогласия королей нередко мешают их правильности. Так, в 644 году Сигеберт не пускает своих епископов на собор, созванный в Нейстрии. С началом междоусобных войн, короли начинают собирать особо епископов своего королевства, и с VII века мы уже не видим общих соборов. Раздоры, потрясавшие королевство, затронули и церковное единство. Это разложение совпадает с анархией в среде духовенства. Вскоре соборы исчезнут надолго. Последний собор меровингской эпохи, по-видимому, имел место в Оксерре в 695 году.
В канонах этих церковных совещаний мы находим массу данных не только для церковной организации и дисциплины, но и для нравов и духа меровингского общества. Догматические споры занимают в них мало места. Епископы стремятся к сохранению чистоты жизни духовенства, запрещая ему общение с женщинами, пиры, охоту; к охране церковного имущества и церковной юрисдикции. Они чувствуют напор и влияние светского общества и стремятся защититься от его притязаний, так же как и от его нравов; постоянное повторение одних и тех же запрещений показывает безуспешность их усилий. Они стараются приучить народ соблюдению постов и праздников, отвлечь от языческих привычек: волхования, примет, гаданий, которые практиковали сами клирики, прикрываясь христианскими формами.
Даже в VI веке, когда эти соборы собираются еще правильно, власть короля на них очень велика, часто проявляясь в очень грубых и насильственных формах. Когда Хильперих хочет отмстить руанскому епископу Претекстату за то, что тот обвенчал его сына Меровея с Брунгильдой, он созывает собор в Париже, играет роль публичного обвинителя, выставляет лжесвидетелей. За дверьми толпа испускает крики и грозит избить камнями Претекстата. Когда епископы приступают к совещанию, король удаляется, но Фредегонда и он сам нагнали такой страх, что редкие защитники, вроде Григория Турского, не находят сочувствия. Хильперих старается склонить Григория увещаниями и угрозами, Фредегонда хочет его подкупить. Обманутый ложными обещаниями, Претекстат сознается, что он совершил грех. Тогда председатель собора, Бертран Бордосский, говорит ему: «Слушай, о, брат и епископ, ты в немилости у короля, потому ты не можешь рассчитывать на нашу любовь, пока ты не выпросил у него прощения». Заключенный в темницу, измученный пыткой, а затем сосланный, Претекстат был, наконец, убит по приказанию Фредегонды.
Если чаще епископские соборы бессильны и трусливы перед королем, то иногда и они являют примеры мужества. Преследуемый ненавистью Хильпериха, Григорий Турский вызван на собор. Собор признает его невиновность и объявляет королю: «Епископ Турский очистился от всех возведенных на него обвинений. Ныне, о, король, что остается сделать с тобою, как не лишить тебя причащения вместе с Бертраном, обвинившим своего брата?» И Хильперих просит прощенья, говоря, что он повторил только то, что было ему сказано.
Часто короли ставят на обсуждение соборов государственные дела, желая укрепить их авторитетом свои указы. Гунтрамн постоянно совещается с соборами: в 573 году он просит решить его спор с Сигебертом, в 581 — обсудить положение королевства, в 589 году обвиняет пред ним Брунгильду.
Король утверждает решения соборов, значит, за ним признается право и отвергнуть их. В 614 году Хлотарь изменяет некоторые каноны, принятые Парижским собором, как нарушающие право короля.
В отношении папы франкская Церковь отстаивает свою независимость. Только юг поддерживает с ним правильные сношения. Конечно, к папе относятся с уважением, принимают его декреты. Короли и епископы просят утверждения привилегий, данных ими Церкви, епископы иногда апеллируют к нему на решения соборов. Но в общем между папой и Церковью франков нет правильных отношений подчинения, и «Арльский викариат» — только фикция, в VII веке о нем уже не слышно. Папа обращается к епископам прямо или через посредство короля. Знаменитейший папа этой эпохи, Григорий Великий, старался вступить в правильные сношения с франкскими государями, восставал против церковных беспорядков, в которых они были виновны: против симонии, неправильных выборов епископов, требовал созыва собора для исправления этого зла. Он желал, чтобы королевская власть преследовала еретиков, запрещала евреям иметь христианских рабов. Усилия Григория Великого была почти бесплодны, и вплоть до VIII века папство не влияло активно на жизнь Франции.
Во главе церковных провинций стоят митрополиты, избранные епископами и носящие те же титулы, что и они. Звание архиепископа, которое они получат позже, еще не является их постоянным званием. Главная их функция — созыв на собор своих суффраганов-епископов.