Новая церковь во многомъ отличалась отъ развалившейся. Она была
Для этой цѣли позднѣйшій писатель (Прологъ, изд. 1777 г.) увѣряетъ, что старый храмъ былъ деревянный, что копали рвы внутри этого деревяннаго храма «и тако обрѣтоша св. мощи».
При новомъ храмѣ была построена и трапеза, велія, каменная, и погребы каменные, но это свидѣтельство относится уже къ позднѣйшимъ сооруженіямъ, о которыхъ скажемъ въ своемъ мѣстѣ. Вѣроятнѣе, что трапеза была построена деревянная. Въ 1476 г. февраля 16 въ монастырѣ сгорѣла (несомнѣнно, деревянная) трапеза и архимандричья Геннадіева келья.
Геннадій, какъ увидимъ, много способствовалъ къ доброму устройству монастыря. О немъ лѣтописцы записали слѣдующее обстоятельство.
Въ 1483 г. случилось навечеріе св. Крещенія въ воскресенье. Геннадій въ своемъ монастырѣ разрѣшилъ святую Богоявленскую воду пить поѣвши, т.-е. и послѣ обѣда. Въ церковномъ же Уставѣ о томъ не писано. Митрополитъ послалъ изымать Геннадія, но онъ, спасаясь, убѣжалъ къ вел. князю. Митрополитъ самъ пошелъ къ вел. князю, обличилъ преступника, много глаголаше на него, такъ что вел. князь выдалъ бѣглеца.
Тогда митрополитъ повелѣлъ сковать его и подъ полатою въ ледникъ посадить. Узнавъ о такой немилости, вел. князь и съ боярами умолили владыку простить его, что и было исполнено. Прощенный Геннадій не только остался архимандритомъ, но на другой же годъ былъ возведенъ въ санъ архіепископа въ Великій Новгородъ.
Въ томъ же 1483 году благоволѣніемъ Божіимъ вниде ему въ умъ дѣло благое-соорудить въ монастырѣ храмъ во имя самого учредителя обители св. Алексѣя. Основаніе храму было положено вкупѣ и съ трапезою, какъ свидѣтельствуетъ житіе. Но нѣкоторыя лѣтописи упоминаютъ, что трапеза была заложена въ 1485 г., когда Геннадій былъ уже архіепископомъ въ Новгородѣ. Удалившись туда еще въ 1484 году, попеченіе о новосооружаемомъ храмѣ онъ передалъ братьямъ Траханіотамъ, Дмитрію и Георгію, и сыну Дмитрія Юрью, по прозванію Малому, людямъ очень извѣстнымъ въ государствованіе Ивана III.
Въ Новгородѣ Геннадій прославился какъ искоренитель ереси жидовствующихъ и установитель строгаго порядка и благочинія среди тамошняго духовенства, которое къ тому же оказывалось совсѣмъ безграмотнымъ, такъ что архіепископъ самъ принужденъ былъ учить грамотѣ своихъ ставлениковъ. Объ этомъ онъ писалъ любопытное посланіе въ Москву къ вел. князю.
И изъ Великаго Новгорода онъ очень заботился о сооруженіи Чудовскаго храма, высылая въ Москву на его постройку довольно серебра. Церковь была сооружена вельми чудна, велика и высока, и трапеза, а въ ней многія полаты, горнія и дольнія, удобныя на всякую монастырскую потребу и живущимъ тутъ братіямъ на преупокоеніе. Послѣ того въ новосозданную имени св. Алексѣя церковь были перенесены и мощи святителя изъ Благовѣщенскаго предѣла и поставлены въ ракѣ на правой сторонѣ у стѣны.
Эта постройка отчасти сохраняетъ свои внутреннія стѣны и донынѣ съ западной стороны соборнаго храма, гдѣ существуетъ главный входъ въ готическомъ стилѣ.
Такимъ образомъ возможно выяснить слѣдующія положенія. Самое основаніе монастыря возможно относить къ 1358 г.
Первый каменный храмъ построенъ въ 1365 г.; на томъ же мѣстѣ построенъ новый съ предѣломъ Благовѣщенія въ 1431–1438 гг.
Третій храмъ на новомъ мѣстѣ во имя св. Алексѣя заложенъ въ 1483 г. и выстроенъ вѣроятно въ 1485 г., когда построена и трапеза съ горними верхними и дольними нижними полатами.
Въ 1493 г. во время Кремлевскаго пожара у Чуда въ монастырѣ казна выгорѣла.
Въ 1500 г. уже не помнили, кто заложилъ старую церковь, построенную въ 1431–1438 г., и приписывали ея постройку самому святителю Алексѣю. Къ этому времени она значительно обветшала, и вел. князь Иванъ Вас. въ 1501 году повелѣлъ ее разобрать и на томъ же мѣстѣ построить новую. Въ 1503 г. выстроенный храмъ былъ освященъ 6 сентября, на память празднованія Чудеси иже есть въ Хонѣхъ, митрополитомъ Симономъ и архіепископомъ Геннадіемъ.
Вслѣдъ затѣмъ, въ 1505 г., былъ по ветхости разобранъ и Архангельскій соборъ на площади и заложенъ новый, котораго постройка была окончена въ 1507 г. Оба храма сооружали итальянскіе мастера, какъ можно судить по многимъ деталямъ сооруженія.
Въ 1535 г. правительница Елена (Глинскихъ) устроила для мощей святителя новую серебряную раку.