Февраля 11 пятилѣтній царь Иванъ (Грозный), его мать Елена прибыли въ монастырь. Митрополитъ Даніилъ съ епископами служилъ предъ св. мощами молебенъ, съ великими слезами моля святого, дабы угодно ему было переложить его мощи изъ старой въ новую раку. Митрополитъ со властями самъ совершилъ переложеніе. Маленькій царь съ матерью и боярами тутъ стояли, съ великими слезами моля святого.
Въ другой лѣтописи (Львова, IV, 35) этотъ случай разсказанъ съ иными подробностями. Царь Василій Ивановичъ, часто приходя ко гробу св. Петра чудотворца (въ Успенскомъ соборѣ) и къ св. мощамъ чудотворца Алексѣя, «лобызая со слезами св. мощи, особо наединѣ, по вся дни и нощи съ теплою вѣрою призываетъ ихъ, да помогуть ему ходатайствомъ къ Богу и къ Пречистой Его Матери о
Въ третьей лѣтописи (
Въ великій пожаръ 1547 г. Чудовъ монастырь выгорѣлъ весь; были сохранены Божіимъ милосердіемъ однѣ мощи святителя Алексѣя. Старцевъ погорѣло по погребамъ и полатамъ 18, слугъ 50 чел., запасъ монастырскій весь сгорѣлъ.
Въ 1556 г. февраля 29 у царя Ивана родилась дочь, царевна Евдокія. Государь по своему обычаю крестилъ ее въ Чудовѣ монастырѣ и тогда же повелѣлъ построить надъ задними вратами монастыря обѣтную церковь во имя Іоанна Лѣствичника съ предѣломъ Евдокіи муч. Ноября 1 церковь была освящена торжественно въ присутствіп царя, царицы Анастасіи, царевича Ивана, царскаго брата Юрья Васильевича. Тутъ же были митрополитъ изъ Царяграда Кизитскій Іосафъ и старцы Святыя Горы, жившіе вѣроятно въ Чудовѣ же. Освящалъ митрополитъ Макарій со всѣми соборы.
Этоть небольшой храмъ съ именемъ Іоанна Лѣствичника существовалъ и въ ХVІІ ст. и упоминается въ 1649 г. 25 апрѣля по слѣдующему случаю: извѣстно, что у царя Алексѣя Мих. во дворцѣ проживали верховые (придворные) нищіе, старые старики, которыхъ царь содержалъ по завѣтамъ церкви и для благочестивыхъ съ ними бесѣдъ. Одинъ изъ этихъ стариковъ Исай Аникеевъ по какому-то случаю убился съ дворцоваго Верху, вѣроятно упалъ изъ своего высокаго жилища во Дворцѣ.
Государь повелѣлъ справить по немъ поминовеніе и раздать деньги на панихиды и обѣдни въ малыя и бѣдныя церкви Кремля: 1) въ церковь Іоанна Лѣствичника въ Чудовѣ монастырѣ у больницъ, гдѣ онъ Исаій погребенъ, 2) въ церковь Іоанна Новгородскаго, что на подворьѣ Спаса Новаго монастыря, 3) въ церковь Воздвиженія Честнаго Креста подлѣ Вознесенскаго монастыря, 4) мученика Христофора (построена каменная по указу 1651 г. 1 марта), что на площади у Холопья Приказа, 5) Іоанна Предтечи противъ большихъ Конюшенъ и
Въ 1675 г. по случаю раздачи на поминовеніе по Епифаніи Славеницкомъ объ этомъ храмѣ не упоминается, но въ числѣ монастырскихъ церквей значится церковь
Въ 1600 г. февраля 17 съ тѣмъ же торжествомъ, какъ и
Въ 1626 г. мая 3 случился новый великій пожаръ въ Кремлѣ, начавшійся въ Китай-городѣ и отъ верха храма Василья Блаженнаго перешедшій на Вознесенскій, а потомъ и на Чудовъ монастыри. Въ Чудовѣ погорѣла Соборная (Алексѣевская) церковь или самое Чудо Михаила Архангела, какъ писатели иногда прозывали этотъ древній храмъ.