Въ такомъ случаѣ исторія подворья должна начинаться отъ временъ самого св. Сергія.
Но сколько извѣстно, первое прямое лѣтописное свидѣтельство о существованіи Троицкаго подворья относится къ 1460 году, когда Сергіевскіе старцы поставили на
Митрополитъ Филиппъ, только что заложившій постройку новаго большого Успенскаго собора, столько былъ потрясенъ этимъ несчастнымъ обстоятельствомъ, что заболѣлъ и почувствовалъ приближеніе своей кончины. Отъ пожара онъ удалился изъ Кремля на Никольскую улицу Китай-города въ монастырь къ Николѣ Старому. На другой день, возвратившись въ Кремль, въ соборъ, ко гробу св. Петра, совсѣмъ изнемогая, сталъ просить вел. князя отпустить его въ монастырь на покой отъ святительскаго сана. Вел. князь не захотѣлъ отпустить его куда-либо за городъ въ дальній монастырь, но отвезъ его въ близь тутъ сущій
Святитель тотчасъ позвалъ къ себѣ своего отца духовнаго, причастился и пособоровался. Князю же великому только объ одномъ приказывалъ, чтобы церковь (соборная) была совершена. О томъ же приказывалъ и Ховрину, Владиміру Григорьевичу, и сыну его Головѣ; говорилъ, что на совершеніе церкви уготовлено у него все, только попекитесь о дѣлѣ, а то все есть, все готово, не умолкая говорилъ. И людей, которыхъ накупилъ на то дѣло, приказывалъ отпустить. На другой же день 6 апрѣля, по другимъ показаніямъ 5 апрѣля, онъ и померъ на этомъ Троицкомъ дворѣ.
Въ этотъ пожаръ 1473 г. церковь Богоявленія, какъ упомянуто, уцѣлѣла. Погорѣли сосѣдніе дворы митрополита и князя Бориса Васильевича (впослѣдствіи Годуновскій), огонь дошелъ только по церковь Богоявленія; то же случилось и въ новый пожаръ 1479 г.
Вѣроятно, постройка 1460 г. была произведена неискусными мастерами и изъ матеріаловъ недобраго качества, такъ что лѣтъ черезъ 20 церковь была разобрана, «бѣ бо трухла вельми», и на томъ же мѣстѣ заложена новая. Но здѣсь у лѣтописцевъ это заложеніе новой церкви и разобраніе старой упоминается подъ тремя разными годами: въ 1479 (ошибочно), потомъ въ 1480 и 1482 гг., такъ что трудно съ точностью опредѣлить, въ какой именно годъ совершилась новая постройка. Можно съ вѣроятностью предположить, что разобраніе старой послѣдовало въ 1480 г., а строеніе довершилось въ 1482 г., при чемъ упомянуто, что оно сооружено изъ кирпича, вмѣсто бѣлаго камня, какъ строили въ старину и какъ въ это время, по наученію итальянскихъ архитекторовъ, стали строить уже изъ кирпича.
Такимъ образомъ, во второй половинѣ XV столѣтія Троицкое подворье уже именовалось Богоявленскимъ монастыремъ, слѣдовательно было управляемо по крайней мѣрѣ строителемъ въ зависимости отъ Троицкаго игумена. Въ Москвѣ въ тѣ же времена существовалъ другой Богоявленскій монастырь за Торгомъ, что и подаетъ поводъ смѣшивать извѣстія объ этихъ двухъ монастыряхъ, если точно не обозначаются ихъ мѣстности.
Другая церковь на Подворьѣ во имя св. Сергія по всему вѣроятію была выстроена вскорѣ послѣ обрѣтенія его св. мощей въ 1423 г. и причисленія преподобнаго къ лику святыхъ угодниковъ, т.-е. въ первой половинѣ ХV столѣтія.
Для митрополичьяго и для Великокняжескаго двора такой храмъ вблизи ихъ жилищъ являлся необходимою святынею для царскаго моленія и служенія во дни памяти святого. Поэтому въ эти дни митрополиты, а впослѣдствіи патріархи, почти всегда сами служили въ этомъ храмѣ на память св. Сергія, куда нерѣдко приходилъ къ службѣ и государь, если по какому-либо случаю оставался въ Москвѣ и не отъѣзжалъ на обычное богомолье въ самый монастырь Троицкій, для котораго Кремлевскій храмъ былъ непосредственнымъ молебникомъ.
Въ 1532 г. октября 30 первый царь Московскій Василій Ивановичъ у Богоявленія на Троицкомъ дворѣ даже крестилъ новорожденнаго своего второго сына Юрья, отдавая такимъ образомъ новорожденяаго подъ покровъ крѣпкаго заступника и молитвенннка за всѣхъ государей Москвы. Крещеніе совершалъ Троицкій же игуменъ Асафъ Скрипицынъ да старецъ Данилъ изъ Переяславля. Радость этому событію была неимовѣрная для всего города Москвы.