Особое благоволеніе къ подворью оказывалъ царъ Алексѣй Михаиловичъ. На подворьѣ имъ была построена въ 1661 г. новая предѣльная церковь во имя Ѳеодора Стратилата, тезоименитаго царевичу Ѳедору Алексѣевичу. Строили каменныхъ дѣлъ подмастерье Иванъ Апсинъ и каменщики Емелька Семеновъ съ товарищи. Постройка этой церкви именно на Троицкомъ подворьѣ, а не въ другомъ мѣстѣ, несомнѣнно была вызвана тѣмъ обстоятельствомъ, что царевичъ родился (30 мая) дня за три до Троицына дня (2 іюня), а вмѣстѣ съ тѣмъ и особымъ почитаніемъ памяти преподобнаго Сергія, о которой благочестивѣйшій въ точномъ смыслѣ государь заботился съ большимъ усердіемъ. Вь егожизни много было поводовъ для усердной молитвы къ великому заступнику Московскихъ государей.
Царь по слѣдамъ отца приходилъ на подворье къ церковнымъ службамъ и въ день Богоявленія до 1653 г., когда сталъ выходить уже въ Успенскій соборъ, и въ дни памяти св. Сергія, а также 8 іюня на именины царевича Ѳедора Алексѣевича. Въ особенныхъ случаяхъ онъ самъ провожалъ туда св. иконы отъ крестныхъ ходовъ, выносимыя въ эти ходы и изъ церквей Троицкаго подворья.
Такіе случаи встрѣчались по поводу молебствій о побѣдахъ, «что милостію Божіею и помощью и заступленіемъ Пресв. Богородицы и молитвами Московскихъ чудотворцевъ и великаго въ чудотворцахъ препод. Сергія ратные Русскіе люди Крымскихъ татаръ или польскихъ и литовскихъ людей побили».
Случалось, хотя и очень рѣдко, что на Сергіеву память 25 сентября вмѣсто обычнаго похода къ Троицѣ въ монастырь государь совершалъ это празднованіе на Троицкомъ подворьѣ въ храмѣ преподобнаго Сергія.
Когда въ 1667 г. генваря 31 послѣ Никона былъ избранъ въ патріархи архимандритъ Троицкаго монастыря Іоасафъ, онъ пребывалъ въ то время на своемъ Троицкомъ подворьѣ, въ Богоявленскомъ монастырѣ, и послѣ избранія, которое происходило въ царскомъ дворцѣ, въ Верху, т.-е. въ Теремныхъ покояхъ, шествовалъ къ себѣ на подворье, шелъ въ
8 февраля было ему нареченіе у Вселенскихъ патріарховъ въ полатѣ (въ Чудовомъ монастырѣ), откуда новонареченный патріархъ снова шелъ на свое подворье торжественно, при чемъ у него у саней на
9 февраля въ Успенскоиъ соборѣ послѣ малой вечерни было ему же
Послѣ того новонареченный пошелъ въ сопровожденіи архіереевъ ко Вселенскимъ патріархамъ, въ ихъ полаты, гдѣ вначалѣ было воспѣто многолѣтіе государю и патріархамъ трижды потомъ посадили нареченнаго на лавкѣ подлѣ патріарховъ, по лѣвую руку отъ угла, и поставили передъ патріархами столъ и на немъ наставили овощей, сладкихъ ядей всякихъ, сахаровъ и дыней въ патокѣ, и передъ властей Русскихъ, сидящихъ за другимъ столомъ и въ скамьѣ; и питье подносили въ кубкахъ и въ ковшахъ. Это было угощеніе, вѣроятно, по обычаю антіохійскому и александрійскому, откуда были Вселенскіе патріархи. И потомъ, благодаря Бога, пареченный патріархъ Московскій, поѣхалъ къ себѣ на подворье и тамъ жаловалъ протопопа, ключаря, дьякона и дьяковъ домовыхъ, потчивалъ самъ въ кельѣ у себя, а пѣвчихъ велѣлъ на погребѣ потчивать.
10 февраля совершилось торжество поставленія, послѣ котораго новопоставленный патріархъ вмѣсто Троицкаго подворья шествовалъ уже на патріаршій дворъ въ сопровожденіи архіереевъ и пѣвчихъ, воспѣвавшихъ по чину подобающіе стихи. Затѣмъ былъ столъ у государя въ Грановитой полатѣ и объѣздъ новаго патріарха вокругъ города Кремля. Должно замѣтить, что каждый избранный изъ архимандритовъ Троицкаго монастыря или въ архимандриты этого монастыря всегда имѣлъ хотя и временное пребываніе на Троицкомъ подворьѣ.
Въ 1674 г. на память препод. Сергія 25 сентября государь, отправившись въ походъ къ Троицѣ, назначилъ торжественную службу и на Троицкомъ подворьѣ, гдѣ служилъ самъ патріархъ Іоакимъ и съ нимъ два митрополита, 3 архіепископа, 1 епископъ, архимандриты, игумены, протопопы, въ присутствіи бояръ, оставленныхъ во дворцѣ оберегать Москву.
Такое же торжественное служеніе происходило и въ 1675 г. на праздникъ Богоявленія, когда 5 января государь выходиль на подворье къ вечернѣ и къ обѣднѣ. И тогда служилъ самъ патріархъ и съ нимъ 3 митрополита, 2 архіепископа, 1 епископъ, 4 архимандрита, 6 игуменовъ и протопопы.
Въ 1675 г. іюля 5 приходилъ государь изъ похода съ Воробьевой горы праздновать Сергію на подворье въ торжественномъ шествіи, въ каретѣ, въ сопровожденіи бояръ и другихъ чиновъ и въ предшествіи Стремяннаго полка стрѣльцовъ. Церковная служба также совершалась патріархомъ съ 2 митрополитами и прочимъ духовенствомъ. Послѣ обѣдни государь возвратился за Воробьеву же гору.