Постояннымъ управителемъ подворья былъ строитель. Въ 1626 г. при строителѣ находилось 12 человѣкъ старцевъ. Въ 1628 г. числилось три попа, 2 дьякона и 16 братовъ. В
Прицеркви Ѳедора Стратилата, построенной царемъ Алексѣемъ Михаиловичемъ, состояло съ 1664 г. на службѣ бѣлое духовенство: 2 попа, дьяконъ, 2 дьячка, понамарь, сторожъ, которые получали содержаніе, ругу, изъ Дворца слишкомъ сто рублей на всю братію, кромѣ годовыхъ суконъ (12 руб.) и хлѣбнаго жалованья.
При царѣ Ѳеодорѣ Алексѣевичѣ эта руга была увеличена до 196 рублей, въ томъ числѣ значилось питья и ѣствъ изъ Дворца слишкомъ но 90 руб.
Такъ молодой царь благоволилъ къ церкви своего Ангела.
При строгой разборкѣ ружныхъ окладовъ по всѣмъ Московскимъ соборамъ, монастырямъ и церквамъ, произведенной Петромъ Великимъ въ 1699 и 1700 гг., о ругѣ духовенству церкви Ѳедора Стратилата государь далъ слѣдующую отмѣтку: «Буде та церковь построена по государскому изволенію и имъ руга давать сполна, а буде строена изъ монастыря и имъ тое ругу имать изъ доходовъ Троицкаго монастыря…» По справкѣ въ приказѣ Большаго Дворца не оказалось свѣдѣнія, что церковь построена по государскому изволенію, хотя въ томъ же 1700 году церковь была поновлена и подписана стѣннымъ иконнымъ письмомъ, и для службы книги и всякая церковная утварь были даны изъ приказа Большаго Дворца, а ризы изъ Казеннаго приказа, слѣдовательно на царское иждивеніе. Но государь рѣшилъ быть у той церкви Троицкаго монастыря чернымъ попамъ, для того, что тотъ предѣлъ на ихъ монастырскомъ подворьѣ, а бѣлымъ попамъ не быть и руга отставить.
Во время великаго пожара въ 1737 г. подворье все выгорѣло и потомъ было возобновлено. Церковь св. Сергія съ предѣломъ Ѳедора Стратилата вновь была освящена въ мартѣ 1738 года. Объ освященіи церкви Богоявленія свѣдѣній не встрѣтилось, что даетъ мѣсто предположенію, существовала ли эта церковь во время пожара, такъ какъ есть свидѣтельство, хотя и сомнительное, что въ 1722 г. архимандритъ Троицкаго монастыря Гавріиль Бужийскій самовольно разобралъ на подворьѣ церковь во имя преп.
«Освятися жертвенникъ Господа Бога нашего Іисуса Христа въ царствующемъ градѣ Москвѣ, въ Богоявленскомъ монастырѣ, что на Троицкомъ подворьѣ, во храмѣ св. Богоявленія Господня при державѣ«и пр. Это очень важное показаніе заставляетъ предполагать, что церковь на самомъ дѣлѣ была разобрана и выстроена вновь, почему о ней и не помянуто при возобновленіи церквей послѣ пожара 1737 г. Новая церковь по размѣру была меньше старой. Относительно замѣны одно другимъ именъ, вмѣсто Богоявленія-св. Сергія, могла произойти ошибка, очень возможная для Троицкихъ властей, повсюду помнившихъ только св. имя Сергія.
Къ коронаціи 1762 года обветшавшее снаружи подворье было обновлено поправкою и покраскою.
Въ 1764 году по указу отъ 26 февраля вся мѣстность подворья была присоединена къ Кремлевскому дворцу. По этому случаю еще въ 1763 г. была составлена опись зданіямъ подворья, изъ которой узнаемъ, что на немъ существовали слѣдующія строенія:
1) Каменная церковь Богоявленія, длиною 6 саж., шириною 5 саж. 1 арш., крытая желѣзомъ.
2) При ней церковь чуд. Сергія, длиною 15 саженъ въ томъ числѣ и трапеза, шириною 6 саж., крытая тесомъ.
3) Между Богоявленской и Сергіевской предѣльная во имя Ѳедора Стратилата, длиною 5 саженъ, шириною 2
4) При одной изъ церквей подъ деревянною крышкою висѣло 6 колоколовъ, — это была небольшая колокольня.
5) Подъ церквами въ подклѣтномъ этажѣ въ разныхъ полатахъ находились подъ Богоявленскою церковью молельная (?) полата, хлѣбодарня, 2 кельи, братскій погребъ; подъ церковью Ѳедора Стратилата-кладовая полата, подъ трапезою церкви Сергія-магазейная полата.