Наиболее распространенной и наиболее привлекавшей внимание законодателей из скрытых наук была астрология. Альфонс Мудрый Кастильский отнес астрологию к числу свободных наук; слепая вера, с которой смотрели повсюду на эту науку в средние века, распространила ее так широко, что ее трудно было осудить: равеннский архиепископ, ведя в качестве папского легата крестовый поход против Эццелино да Романо, имел при себе астролога. Савонарола утверждает, что в конце XV в. люди, имевшие возможность держать при себе астрологов, ничего не предпринимали без их советов. При всяком прелате находился астролог, направлявший все его действия. Астрология не упоминается как нечто запрещенное в формулах инквизиторских допросов в XIII и XIV вв. Нет книг по астрологии в осуждении, вынесенном в 1290 г. инквизитором и епископом Парижа, архиепископом Санским и магистрами университета относительно книг, посвященных гаданию и магии, некромантии и хиромантии. Не упоминается также астрология и в индексе, изданном Парижским университетом в 1398 г. Однако уже в XII в. Иоанн Салисберийский заявлял, что астрология должна быть запрещена и наказуема Церковью, что она лишает человека свободной воли, вселяя в него фатализм, и доводит до идолопоклонства, перенося всемогущество Бога на его бездушные создания (звезды). Фома Аквинский установил: если астрология предсказывает естественные явления, как, например, засуху или дождь, она разрешима; но если она занимается угадыванием будущего, зависящего от свободной воли человека, то она нуждается в содействии демонов и недопустима. Астрология, хотя и находится в числе семи свободных наук и не запрещается законом, являет наклонность к идолопоклонству и сильно отзывается ересью.
Таким образом, все астрологи были вынуждены в силу своей профессии ждать вызова в инквизицию. Если этого не случалось часто, то только потому, что все классы Церкви и государства верили в астрологию и покровительствовали астрологам; чтобы начать преследование, нужно было какое-либо из ряда вон выходящее обстоятельство.
Именно с ним и было связано дело знаменитого Петра д'Абано или д'Апоно, самого выдающегося мага и медика своего времени. В своем «Примирителе разногласий», написанном в 1303 г., Петр, не ограничиваясь доказательством, что астрология необходима в медицине, приписывает звездам силу, которая лишала Бога управления людскими делами. Потоп и все другие библейские события Петр связывал с влиянием звезд и планет. Он утверждал также, что соединение планет, совершающееся каждые 960 лет, вызывает потрясение монархий и религий, как и появление Христа и Магомета.
Инквизиция захватила знаменитого человека, который распространял подобное учение в Падуанском университете, тем более, что у него было большое состояние, которое можно было конфисковать. Петр спасся только благодаря покаянию и отречению; но во второй раз его преследовали как рецидивиста. Его сожгли бы живым, если бы он не умер в 1316 г. до окончания своего дела; однако его посмертно осудили. Утверждали, что Петр на смертном одре сказал своим друзьям, что посвятил свою жизнь трем славным наукам — философия изощрила его ум; медицина обогатила его; астрология сделала из него лжеца.