Надо сказать, что инквизиция вообще довольно часто пренебрегала мнением королей, считая делом принципа в любых ситуациях отстаивать свою независимость. В 1645 году Алонсо Муньос, коррехидор в Куэнке и по совместительству служитель трибунала, подослал убийц к одной женщине, с которой он находился в интимной связи; злодеи зарезали несчастную, а заодно и священника, жившего в ее доме. Дело вызвало в Куэнке большой шум: возмущенные люди требовали наказать Муньоса, и королевский суд постановил его арестовать. Но инквизиционный трибунал не дал исполнить это постановление и отлучил от церкви судей, которые посмели употребить власть в отношении его служителя. Горожане обратились с жалобой к Филиппу IV, и король потребовал от Супремы, чтобы отлучение было снято, а само дело передали королевскому совету. В ответ на это великий инквизитор Арсе-и-Рейносо заявил, что распоряжение короля оскорбляет инквизицию и не может быть принято во внимание. Возник спор, продолжавшийся несколько лет, в котором инквизиция все-таки сумела настоять на своем, и Муньос избежал наказания.
В 1649 году во время народных волнений в Валенсии Филипп IV потребовал, чтобы участвующие в грабежах служащие инквизиционных трибуналов привлекались к ответственности обыкновенными судами. Но Супрема вместо того, чтобы немедленно поставить в известность все трибуналы о воле короля, отправила циркуляр обратно в королевскую канцелярию под предлогом, что подобное распоряжение свидетельствует о плохом знании положения дел в Валенсии, где на самом деле инквизицию не в чем упрекнуть. Более того, вслед за этим королю была отправлена просьба, чтобы впредь без предварительного совещания с Супремой не издавались никакие циркуляры, могущие иметь какое-либо отношение к делам инквизиции. И Филипп вынужден был проглотить обиду, хотя прекрасно знал, что именно уже давно происходит в Валенсии.
Еще в 1632 году он получил из Арагона доклад маркиза Велеса, который сообщал о необходимости принять энергичные меры против служителей инквизиции, ставших во главе разбойничьих шаек. Они, писал Велес, знают, что ничем не рискуют, и потому открыто принимают участие в преступных деяниях; мало того, другие злодеи рассчитывают, что благодаря инквизиции и им удастся избегнуть королевского суда, и легко идут на преступления, если в них участвуют лица, пользующиеся особыми привилегиями. Велес приводит ряд имен: во главе грабителей в Валенсии находятся служащие трибунала Педро Реварт, Сиурана и Адель; в Вильяреале во главе разбойничьей шайки стоит член трибунала Хаиме Блау; в Бенигнамине руководят вооруженными бандами служители трибунала Грасиан Эспанья, Барсела и другие. По его утверждению, почти не бывает крупных преступлений, в которых не были бы замешаны служители инквизиции, и беда заключается в том, что против них никто не решается давать показания, так как свидетель очень многим рискует. Поэтому нет ничего удивительного в том, что беспорядки в Валенсии не поддаются усмирению. Велес предложил распустить штат инквизиции и предать всех виновных обычному суду. Особенное внимание, по его мнению, следовало обратить на жестокое убийство Мартина Сантиса. Королевский суд заподозрил в этом преступлении четырех служителей инквизиции и арестовал их, но дело в конце концов, по настоянию инквизиции, передали валенсийскому трибуналу, который признал виновным лишь одного Хаиме Блау и приговорил его к изгнанию и штрафу в 300 дукатов. Ясно, что даже самый снисходительный светский суд вынес бы за такое преступление более суровый приговор, но светские суды очень редко решались связываться с инквизицией.