Насколько светская власть вообще боялась подвергнуть какому-либо наказанию инквизитора, свидетельствует история, приключившаяся в 1695 году в Барселоне, во время войны с Францией. Генерал-губернатор маркиз Гастаньяра арестовал по подозрению в шпионаже француза Баля. Но тут же инквизитор Антонио Санс-и-Муньос потребовал выдать Баля инквизиции на том основании, что против него имеется также подозрение в ереси. Получив отказ, он отлучил от церкви помощника генерал-губернатора. Тем временем маркиз запросил у короля Карла II указаний, как ему вести себя в этой ситуации. Король приказал изгнать Санс-и-Муньоса из Барселоны, но сделать это просто так генерал-губернатор не решился. Он вызвал инквизитора и до прочтения королевского письма добился у него хитростью обещания, что он в точности исполнит волю короля, какой бы она ни была. Узнав о содержании письма, Санс-и-Муньос заявил протест, но тем не менее выполнил данное слово. Дабы как-то сгладить впечатление от своего обмана, маркиз распорядился предоставить в распоряжение Санс-и-Муньоса карету, стражу и деньги на дорогу; кроме того, для инквизитора снарядили в порту особое судно. Все это говорит о том, сколь слаба была светская власть по отношению к инквизиции, — в военное время генерал-губернатор, арестовавший подданного противостоящей стороны, имея прямое указание короля, сумел избавиться от вмешательства инквизиции лишь обманным путем. И то великий инквизитор счел, что Санс-и-Муньосу причинено оскорбление; обиженный инквизитор получил назначение в один из наиболее влиятельных трибуналов, и король с этим согласился.
Столь же осторожно с инквизиторами предпочитали вести себя и высшие представители духовенства, к которым обыкновенные инквизиционные трибуналы без всяких опасений за последствия применяли порой самые решительные меры. В 1609 году в Кордове, например, инквизиционные служители ворвались в епископский дворец, чтобы арестовать там досадившего им церковного чиновника, который, как было всем ясно, ни в чем не провинился. Позже в деле приняли участие король, Супрема и Римская курия; чиновник был оправдан, но и кордовский трибунал ничем не поплатился за свою дерзость.
Столкновения между трибуналами и епископами часто принимали весьма ожесточенный характер. В 1667 году на острове Майорке служитель трибунала Дамето в церкви Св. Франциска убил своего шурина Вальехо, также служителя трибунала. Инквизиция арестовала Дамето, но так как осквернение церкви подлежало юрисдикции епископского суда, майоркский епископ Манхаре требовал выдачи арестованного. Между трибуналом и епископом возник спор, закончившийся взаимным отлучением от церкви, причем обе стороны свое собственное отлучение игнорировали. Великий инквизитор Нитхард, принявший сторону трибунала, потребовал, чтобы епископ немедленно явился к нему для объяснений, но епископ отказался исполнить приказание, мотивируя это тем, что инквизиция не имеет права судить епископов, и обратился за помощью в Рим. Нитхард сумел привлечь на свою сторону королеву Марию-Луизу и упросил ее написать арагонскому совету, чтобы он принудил епископа повиноваться великому инквизитору. Но арагонский совет ее просьбу не исполнил и, в свою очередь, 21 января 1668 года отправил королеве послание, где подробно остановился на печальных следствиях, которые неизбежно наступят, если светская власть будет поддерживать инквизицию в ее конфликтах с епископами. Нитхард не смирился, и Супрема возбудила преследование против епископа. Это вызвало сильное брожение в церковных кругах, поскольку никогда прежде инквизиция не судила епископа без специального разрешения папы. А папа, до которого дошла епископская жалоба, как раз вступился за Манхаре, заявив, что его отлучение не имеет силы. Амбициозный Нитхард, похоже, был готов на полный разрыв с Римом и надеялся, что светская власть его поддержит, но он явно переоценил свое влияние — Карл II не собирался заходить так далеко. Кроме того, против Нитхарда выступил, как мы знаем «князь моря» Хуан Австрийский. Просчитавшись в своих комбинациях, великий инквизитор подал в отставку. Но характерно, что преследование инквизиции против Манхаре не было прекращено, и лишь смерть епископа в 1670 году положила конец этому делу.
Можно сказать, что Манхаре еще легко отделался. Многим представителям высшей духовной власти, которые имели несчастье попасть в жернова инквизиции, пришлось куда хуже. Лучшей иллюстрацией этому служит дело Карансы.