Но надо сказать, что и сама инквизиция, замечая, что в народе укрепляется отрицательное отношение к гонениям за веру, пыталась — в надежде сохранить свое влияние — приспособиться к требованиям времени. Роль политической полиции при мадридском дворе была, быть может, унизительна, но она спасала инквизицию от вынужденного безделья и создавала иллюзию ее необходимости. Характеризуя деятельность инквизиции в царствование Карла IV, депутат кортесов Канмани говорил: «Вот уже несколько лет, как инквизиция стала служить не святому делу, она сделалась государственной инквизицией, дворцовой и светской. Из деятельного учреждения она превратилась в пассивное, созерцательное; из страшного в трусливое; ее былое участие в жизни Испании превратилось в боязливую заботу о своем существовании. Чем другим, в самом деле, можно объяснить, что она ничего не предпринимала, когда происходили скандалы в безнравственном королевском дворце, откуда были изгнаны религия и честность? Представители святого трибунала дрожали от страха при виде отвратительного фаворита и в толпе других льстецов и карьеристов искали у него милости. Почему инквизиция не проявляла своего могущества и своей апостольской строгости, когда Годой святотатствовал и оскорблял религиозные чувства народа?»
Раболепствуя перед сильными, вымещая злобу на слабых, инквизиция принимала участие в многочисленных интригах царствования Карла IV и строила козни против того самого Годоя, милостивого внимания которого она, на первый взгляд, так добивалась. С ведома инквизиции три монаха донесли на первого министра инквизиции же, обвинив его в том, что он в течение восьми лет не молится, не исповедуется и грешит против нравственности, находясь в любовной связи сразу с несколькими женщинами. Севильский архиепископ Деспуиг и авильский епископ Мускис, державшие в руках главные нити заговора, всячески убеждали великого инквизитора Лоренсану начать против Годоя следствие. Но Лоренсана не решался на это без формального приказа папы Пия VI. Наконец папа под влиянием кардинала Винченти, друга Деспуига, написал великому инквизитору, что ему не следует оставаться равнодушным к скандальному поведению Годоя. Но письмо папы с припиской кардинала Винченти было перехвачено Наполеоном и отослано Годою, дружбой которого Наполеон в то время интересовался. Годой своеобразно отомстил заговорщикам: когда французы заняли папские земли, он отправил Лоренсану, Деспуига и Мускиса к Пию, дабы они выразили ему соболезнования в связи с поведением Франции. Годой, впрочем, не представлял никакой опасности для инквизиции, и она не особенно горевала по поводу этой неудачи, довольная уже тем, что первый министр не стал мстить более серьезным образом.
Совершенно иначе обстояло дело с Гаспаром Мельчором де Ховельяносом, членом королевского совета и одним из наиболее образованных людей своего времени. Знаменитый писатель и поэт, он в то же время приобрел славу одного из лучших испанских экономистов. В 1795 году он обратился к великому инквизитору Лоренсане с просьбой разрешить ему выписать из-за границы необходимые книги по минералогии и физике. Лоренсана ответил, что иностранные книги испортили немало профессоров и студентов, а потому он не может исполнить желание Ховельяноса. Мало того, одно уже ходатайство сделало Ховельяноса подозрительным, и инквизитор Лопес Гиль получил поручение следить за тем, какие именно книги читает Ховельянос. Однажды Гиль даже пробрался к нему в дом, когда Ховельянос отсутствовал, и тот, вернувшись, застал у себя непрошеного гостя с книгой запрещенного английского философа Джона Локка в руках. Последовал донос, и вскоре Ховельянос был арестован. Правда, почти сразу его выпустили, а в 1797 году и вовсе Карл IV назначил его министром юстиции. Инквизиция, в это время уже весьма осторожная в обращении с сильными мира сего, готова была оставить его в покое, но Ховельянос сам пошел в атаку, предложив проект реорганизации инквизиции на началах, выработанных еще Арандой. Согласно этому проекту, должности инквизиторов следовало ликвидировать, а суды в отношении ереси и всех других духовных преступлений передать в ведение епископов. Инквизиция перепугалась и обратилась за помощью к Годою, которого недавно хотела погубить. Годой и сам был недоволен усиливавшимся влиянием Ховельяноса на Карла IV и охотно вступил в союз с инквизицией: совместными стараниями Ховельянос был объявлен атеистом, в августе 1798 года удален с министерского поста и сослан в Хихон. Но и здесь инквизиция не оставила его в покое. Королю донесли, будто Ховельянос хочет уничтожить в Испании католическую веру и монархическую власть. После этого бывшего министра арестовали и заключили «на неопределенное время» в картезианский монастырь на острове Майорке, а затем перевели в крепость Пальмы, главного города острова, где он пробыл семь лет. Вышел Ховельянос на свободу только в 1808 году, когда лишился трона Карл IV и одновременно с ним пал Годой.