Отступление инквизиции перед светской властью стало заметно лишь с вступлением на престол Филиппа V. Будучи ставленником Франции, где прерогативы короны ставились очень высоко, он окружил себя французскими юристами, проникнутыми идеей о полном подчинении духовенства государству; в эдикте 1705 года он охарактеризовал свою власть как «
Службу в инквизиции Паниагуа совмещал с торговлей какао и до поры до времени не платил таможенных пошлин. Но однажды, когда он получил из Марселя двадцать мешков какао, толедские власти, во-первых, потребовали таможенную плату и, во-вторых, заявили, что по причине свирепствующей в Марселе эпидемии какао необходимо подвергнуть карантину. В подтверждение серьезности этих требований коррехидор выставил стражу у магазина Паниагуа. Инквизитор, однако, стражников арестовал и отправил в инквизиционную тюрьму, а сам преспокойно принялся торговать какао. Тогда коррехидор заключил в тюрьму (но уже городскую) самого Паниагуа. Инквизиционный трибунал тут же сделал ответный ход и наложил на коррехидора интердикт. Одновременно Супрема пожаловалась Филиппу V, что толедская администрация нарушила права трибунала и оскорбила его честь. Тем не менее король приказал интердикт снять и выпустить на свободу ни в чем не повинных стражников. Чем кончилась эта история, мы не знаем; известно только, что спустя два месяца Супрема все еще просила короля выпустить Паниагуа на свободу и вернуть ему какао.
Отношение Филиппа к инквизиции отличалось крайней непоследовательностью, поскольку он весьма зависел от влияния своих приближенных, а они относились к инквизиции по-разному. Так, он отказался присутствовать в 1701 году на аутодафе, устроенном в честь его вступления на испанский престол, но, с другой стороны, нисколько не препятствовал росту числа аутодафе. Всего же за 46 лет правления Филиппа V (1700—1746) в Испании было устроено 782 аутодафе, на которых сожгли как минимум 1538 человек.
5 октября 1747 года сменивший Филиппа V на престоле Фердинанд VI издал эдикт, согласно которому юрисдикция светского суда распространялась на низших служителей инквизиции. Возмущению великого инквизитора Переса де Прадо-и-Куэсты не было предела, он требовал не только отмены этого эдикта, но даже уничтожения его копии в архиве. Однако Фердинанд ответил отказом, и инквизиция вынужденно покорилась. Впоследствии путем сложных интриг она неоднократно укрывала от королевского суда своих служителей, а с другой стороны, захватывала в свои руки дела, подведомственные другим судам, но все это выглядело как неготовность сразу признать свое поражение. Наследовавший Фердинанду VI его брат Карл III еще энергичнее отстаивал права светской власти. До того как занять испанский трон, он в течение 24 лет был неаполитанским королем и в этом качестве постоянно демонстрировал свою приверженность идеи абсолютной власти короны и полного подчинения ей церкви. При нем, по подсчетам Льоренте, лишь 5 процентов процессов, начатых инквизицией, доводились до суда; остальные за отсутствием состава преступления прекращались на стадии следствия.
Первое столкновение между Карлом III и инквизицией произошло из-за папского бреве от 14 июня 1761 года, которым была осуждена книга французского теолога Франсуа Мезенги «Представление о христианстве». Сам Карл III считал этот труд настолько полезным, что положил его в основу религиозного воспитания своего сына, будущего короля Карла IV. Он запретил великому инквизитору Бонифасу опубликовать папское бреве против книги Мезенги, а когда инквизитор стал протестовать против захвата королем прав, не принадлежащих светской власти, пригрозил ему изгнанием. Дошло до того, что Бонифас вынужден был умолять короля о снисхождении. Карл в его отношении сменил гнев на милость, но вслед за этим поручил государственному совету разработать закон, имеющий задачей, с одной стороны, защитить светскую власть от посягательств курии, а с другой — ограничить цензорские полномочия инквизиции. Этот закон вступил в силу 18 января 1762 года. Отныне все папские буллы, бреве, письма и распоряжения, какого бы они ни были содержания и кому бы ни были адресованы, следовало до опубликования представлять королю. Что касается осуждения и запрещения книг, то великий инквизитор мог сделать это лишь после того, как автор будет выслушан инквизиционным судом и этот суд примет соответствующее решение.
В 1770 году Карл III изъял из компетенции инквизиции дела, которые, на его взгляд, не должны были входить в сферу ее деятельности. Затем, в 1775 году, был принят закон, установивший безусловное равенство инквизиционных и королевских судов; этим же законом инквизиционным трибуналам запрещалось вмешиваться в светское делопроизводство и налагать любые наказания на королевских судей.