15 октября 1633 года Филипп IV отправил Супреме послание, где просил ее выработать систему наказаний для инквизиторов, которые не повинуются королю. Выглядело это в лучшем случае наивно. Неудивительно, что Супрема ответила ему, что не находит в действиях инквизиции какого-либо нарушения интересов монархии. Что же касается королевских распоряжений, которые остаются без внимания, то это имеет место лишь в тех случаях, если король плохо осведомлен о положении дел и отдает приказания, противоречащие справедливости. Поэтому Супрема просит короля впредь совещаться с ней накануне опубликования закона для того, чтобы он был справедлив и инквизиторы могли с чистой совестью его исполнять. Филиппу ничего не оставалось, как склониться перед твердой волей инквизиции.
Не только члены инквизиционных трибуналов, но даже их слуги пользовались разнообразными привилегиями, в том числе личной неприкосновенностью. Около 1540 году мурсийский коррехидор обидел прислугу курьера трибунала и был за это приговорен к слушанию в церкви мессы в качестве кающегося грешника. В 1564 году перед барселонским трибуналом предстал Михаил Бонет, побивший лакея какого-то не самого важного служащего инквизиции. В Мурсии случилась драка между слугой инквизитора и мясником Себастьяном Гальего. Мясник был подвергнут суду инквизиции и приговорен к изгнанию из города. Если так страдали лица, чем-то обидевшие прислугу, то легко предположить, какие кары постигали тех, кто имел несчастье как-либо досадить инквизиторам или членам трибунала.
Инквизиция никогда не прощала нанесенного ей оскорбления, причем особенно сильно преследовала крупных чиновников, вставших у нее на пути или просто не оказавших ей должной помощи: в этом случае она опиралась на королевские грамоты, требовавшие безусловного ей повиновения. Ряду унижений за «нарушение королевского слова» были подвергнуты вице-король Валенсии в 1488 году, вице-король Сардинии в 1498 году, губернатор Беналкасара и кордовский судья в 1500 году, кордовский коррехидор в 1503 году, коррехидор Логроньо в 1516 году, майоркский королевский наместник в 1531 году, вице-короли Сицилии и Каталонии в 1540-х годах, главный алькальд Арнедо в 1553 году, гражданский губернатор Барселоны в 1569 году, арагонские депутаты в 1571 году и т.д. Самой популярной мерой инквизиции было принуждение к покаянию, а к наиболее упорствующим в своих заблуждениях применяли отлучение от церкви и заключение в тюрьму.
Лишь в редких случаях инквизиторы получали отпор. В 1598 году была устроена процессия в Севилье, во главе которой шли члены высшего королевского суда; инквизиторы нашли это обидным для себя и потребовали уступить им первые ряды. Судьи отказались и тут же были отлучены инквизиторами от церкви. В дело вмешался Филипп III: он приказал снять анафему с судей и призвал севильских инквизиторов в Мадрид, сделав его для них своего рода местом ссылки, а затем издал эдикт, в силу которого инквизиторы могли требовать для себя наиболее почетные места лишь в процессиях на аутодафе.
В 1622 году в городе Лорка, входящем в округ Мурсии, инквизиторы вступили в спор с местным судьей, отлучили его от церкви и вынесли постановление арестовать его, потребовав от мурсийского коррехидора Тореса привести это решение в исполнение. Торес отказался от повиновения. Тогда инквизиторы отлучили от церкви и его, а заодно и всю Мурсию, поскольку горожане поддержали коррехидора. Это было сделано без ведома местного епископа Трехо, и он, отстаивая свои полномочия, не замедлил заявить, что инквизиторы не имели права налагать интердикт на город и, следовательно, он не имеет силы. В свою очередь великий инквизитор Пачеко осудил Трехо и наложил на него штраф в размере 8000 дукатов. Мало того, Трехо под страхом нового штрафа велено было явиться в Мадрид и оправдаться в своем поведении. Пока епископ раздумывал, как поступить, мурсийские инквизиторы арестовали местного священника, отказавшегося подчиниться интердикту на том основании, что епископ ничего ему не говорил о нем. И только вмешательство короля Филиппа IV, который взял под свою защиту епископа, успокоило конфликт, вернув все его стороны на исходные позиции.