Фердинанд, обращаясь к трибуналам, обычно давал Супреме на подпись свои письма, но не считал это для себя обязательным, так что королевские письма, не снабженные подписью Супремы, имели ту же силу, что и с подписью. Когда Супрема в 1512 году потребовала от Фердинанда, чтобы он сносился с трибуналами исключительно через ее посредство даже в вопросах, не касающихся религии, король наотрез отказался дать на этот счет какие бы то ни было обещания. После смерти Фердинанда дело приняло другой оборот, и уже 27 июля 1528 года Супрема отдала приказ трибуналам считаться лишь с теми королевскими распоряжениями, которые снабжены подписью члена Супремы, так как сами короли требуют повиновения лишь засвидетельствованным письмам. Каких «королей» разумела здесь Супрема, сказать трудно, но, опираясь на «королевскую волю», она быстро сделалась вполне автономным учреждением. Отныне все обращенные к королю жалобы на злоупотребления инквизиции, а также любые связанные с ней просьбы получали движение лишь в том случае, если сама Супрема соглашалась принять их во внимание. Например, в 1599 году барселонские кортесы обратились к Филиппу III с рядом ходатайств, которые король обещал удовлетворить; некоторые ходатайства касались инквизиции — кортесы желали, чтобы число служащих при трибуналах было уменьшено, чтобы все служащие помимо инквизиторов были каталонцами и т.п. Но великий инквизитор не приложил к королевскому решению свою подпись, и оно не вступило в силу.
Большое значение для укрепления независимости инквизиции имело то, что после смерти Фердинанда контроль над ее финансовой деятельностью перешел от короля к великому инквизитору или Супреме. Чиновники, которые заведовали конфискацией и сбором штрафов, были ответственны теперь перед инквизицией, а не государством. Правда, формально деньги, бывшие в распоряжении трибуналов, принадлежали королевской казне, и денежные ордеры выписывались от имени короля, но на деле инквизиция распоряжалась ими по собственному усмотрению. Попытка государства вернуть контроль над средствами трибуналов окончилась неудачей. Инквизиция успешно справилась с этим, предоставив неверные сведения о поступавших ей деньгах; более того, позже в инструкциях, данных трибуналам в 1561 году, говорилось о необходимости держать короля в неведении относительно их доходов и расходов. Только во время войны за Испанское наследство, когда финансы Супремы сильно пошатнулись и она обратилась за поддержкой к королю, Филипп V, удовлетворив ее ходатайство, установил в 1703 году более или менее тщательный надзор над тем, как инквизиция получает и тратит деньги. Надзор этот в главных чертах сохранился до конца существования инквизиции.
Инквизиция, согласно данным ей при учреждении привилегиям, не была подсудна светскому суду. Все, что имело какое-либо касательство к ней, могло рассматриваться исключительно инквизиционными трибуналами, деятельность которых, все более и более расширяясь, неизбежно приходила в столкновение с обычными светскими судами. Недовольные трибуналами порой обращались за помощью к королю, но это, во-первых, редко приводило к существенным результатам, а во-вторых, считалось ненормальным и не одобрялось самой королевской властью. Неподсудность инквизиции, по ее мнению, не была даром, а явилась результатом соглашения между королем и великим инквизитором. Вначале предполагалось, что привилегия эта касается лишь вопросов религии и ереси, но вскоре инквизиция явочным порядком распространила ее на уголовные и гражданские дела. В начале XVII века великий инквизитор Портокарреро утверждал, что судебная власть инквизиции предоставлена ей Богом; следовательно, решения инквизиционных трибуналов, касающиеся любых, в том числе светских дел, не могут быть подвергнуты ревизии королем и подлежат контролю лишь со стороны духовной власти, то есть Супремы, великого инквизитора или папы. 31 марта 1646 года Супрема заявила Филиппу IV, что гражданская и политическая юрисдикция ниже духовной, которой король ни в чем не может перечить. Королевские прерогативы ведут происхождение от человеческого закона, инквизиция же получила власть от святого престола, и, значит, ее сила в конечном итоге имеет божественное происхождение, поэтому ее не могут ограничивать человеческие законы. Если король под предлогом того, что он глава судебного ведомства, будет нарушать эти принципы, он навлечет на себя и на всю страну большие бедствия, которые лягут тяжелым бременем на его совесть.