В 1774 году сложил с себя полномочия великий инквизитор Мануэл Кинтано Бонифас. Король отправил папе просьбу о назначении на его место саламанкского епископа Фелипе Бертрана, но ухитрился написать письмо так, что в нем собственно говорилось не о согласии папы предоставить Бертрану генеральное инквизиторство, а о необходимости освободить его от епископского места в Саламанке ввиду назначения великим инквизитором. Письмо Карла в курии получили в тяжелую минуту, когда после смерти 22 сентября 1774 года Климента XIV папский престол был свободен. Избранному 15 февраля 1775 года новым папой Пию VI было не до борьбы с Карлом, и 27 февраля он исполнил желание испанского короля. Правда, послание Пия мало чем отличалось от послания в 1755 году папы Бенедикта XIV при назначении великим инквизитором Бонифаса — в нем, как и прежде, говорилось о
Вопрос о том, может ли король сместить великого инквизитора, юридически не был оформлен, но столкновение светской власти с Манрике ясно показывает, что фактически король мог поставить великого инквизитора в положение, мало чем отличающееся от вынужденной отставки. Алонсо Манрике считался фаворитом императорской четы. В 1529 году Карл V, отправляясь в Италию, назначил императрицу опекуншей над юной графиней Луизой де Акунья, руки которой добивались самые аристократические женихи и среди них племянник великого инквизитора граф Тревиньо. Императрица поселила опекаемую невесту в самое безопасное, как ей казалось, место — в монастырь, но Манрике именно этим и воспользовался — пользуясь своей громадной властью, он устроил там свадьбу Луизы с графом Тревиньо. Императрица в ярости удалила Манрике из королевского дворца и приказала ему жить в его севильской епархии до тех пор, пока Карл вернется из Италии. Увещевания инквизиции не смогли изменить решения императрицы, и лишь в 1533 году, когда Карл возвратился в Испанию, Манрике смог снова свободно исполнять обязанности великого инквизитора. Правда, продолжалось это недолго: через год между ним и Карлом произошел новый конфликт, и Манрике опять был отправлен в Севилью, хотя номинально оставался великим инквизитором.
Другой случай столкновения между королевской властью и великим инквизитором произошел в 1598 году, когда Филипп III, под влиянием герцога Лермы невзлюбив великого инквизитора Портокарреро, обратился к папе Клименту VIII с просьбой издать буллу, принуждающую епископов жить в своих епархиях. Как епископ Куэнки Портокарреро вынужден был подать в отставку, покинуть Мадрид и переехать в Куэнку. Из-за этой же буллы покинул свой пост и следующий за Портокарреро великий инквизитор — кардинал Ниньо де Гевара. Его преемник Хуан де Суньига, епископ Картахены, обошел буллу Климента VIII, предоставив папе управление своей епископией на время своего генерального инквизиторства; но вместе с тридцатитысячным доходом от своей епархии Суньига потерял и здоровье. Мадридский климат оказался ему вреден, и он умер в том же 1602 году, когда и был назначен.
Когда Филипп IV вступил в 1621 году на престол и подпал под влияние Оливареса, между последним и великим инквизитором Луисом де Алиагой, обладавшим сначала вместе с герцогом Лермой, а затем с герцогом Уседой наибольшим могуществом при дворе Филиппа III, неизбежно должен был произойти конфликт. Перемена на троне в глазах Оливареса означала прежде всего разрыв с политикой предыдущего короля Филиппа III, которую олицетворяли великий инквизитор Алиага и всесильный Уседа. Но воспользоваться против Алиаги буллой 1598 года было невозможно, так как доминиканец Алиага не был епископом и, следовательно, не имел своей епархии. Светская власть оказалась в большом затруднении, столкнувшись лицом к лицу с независимым положением великого инквизитора. Наконец, не найдя лучшего способа избавиться от Алиаги, Филипп IV приказал ему покинуть королевскую резиденцию и отправиться в доминиканский монастырь в Уэте. Хотя великий инквизитор исполнил приказание короля, вопрос о нем не мог считаться решенным, и потребовалось вмешательство папы Григория XV, чтобы вынудить его подать в отставку. Вскоре мадридский трибунал обвинил Алиагу в лютеранстве и материализме, но до суда дело не дошло, так как отставной великий инквизитор умер в 1626 году, до окончания следствия, которое в связи с этим решили не продолжать.
В 1669 году Эверардо Нитхарду, иезуиту немецкого происхождения, пришлось сложить с себя звание великого инквизитора по требованию внебрачного сына Филиппа IV — Хуана Австрийского. Борьба дона Хуана, которому отец даровал титул «князь моря» и поручил командовать флотом, и Нитхарда велась не на жизнь, а на смерть, так как Нитхард обвинял «князя моря» в лютеранстве и стремился погубить его с помощью приписываемого ему письма, полного еретических мыслей. При этом у Нитхарда были далекоидущие планы: наряду с Хуаном он задумал обвинить и вдову Филиппа IV — Марианну Австрийскую.