Филипп II в отличие от других испанских королей не вмешивался в назначения членов инквизиционных трибуналов, предоставляя в этом полную свободу великому инквизитору, тогда как сменивший его на троне Филипп III, наоборот, занимался этим весьма усердно. Например, когда 21 июня 1600 года великий инквизитор Гевара представил ему доклад, в котором просил разрешения переместить инквизиторов из одного трибунала в другой так, чтобы лучшие занимали должности в наиболее выгодных и обширных округах, Филипп III ответил отказом. Мало того, в 1603 году король сам назначал инквизиторов, фискалов и даже мелких инквизиционных чиновников. Судя по всему, Филипп III хотел вернуться к методам правления Фердинанда, поскольку считал недостаточным надзор над деятельностью инквизиции со стороны проводившего свое время большей частью за границей императора Карла и занимавшегося другими делами Филиппа II. Прибыв в Толедо на аутодафе 10 мая 1615 года, Филипп потребовал к себе дело Хуана Коте, обвинявшегося в лютеранстве, и сделал в приговоре несколько изменений, прибавив двести ударов розог и увеличив число лет тюремного заключения. По существу, это было вмешательством в судопроизводство инквизиции, от чего отказывался даже Фердинанд, и толедский трибунал в большом смущении извещал об этом Супрему, прося ее высказаться по этому поводу. Супрема, впрочем, одобрила действия короля, так как в изменении наказания принимал участие и великий инквизитор Бернардо де Сандовал-и-Рохас. На следующий день после аутодафе Коте был, однако, извещен, что розги, по великодушному желанию Супремы, отменены.
Тут надо заметить, что Филипп III проводил свою политику вмешательства в дела инквизиции с большой непоследовательностью, и рядом с толедским инцидентом 1615 года можно указать немало случаев, когда король заявлял, что полнота власти в инквизиционных делах принадлежит исключительно великому инквизитору. С другой стороны, нередко он поступал вопреки интересам инквизиции. Так, несмотря на ее многочисленные просьбы, он отказывался изгнать маранов из Португалии и даже даровал им — разумеется, за значительные суммы, — различные привилегии, в том числе всепрощение за совершенные еретические преступления. Но при этом был неумолим по отношению к морискам, которых изгнал из Испании к великому для нее ущербу. При Филиппе III — после того, как один рыцарь военного ордена оказал вооруженное сопротивление трибуналу, — юрисдикции инквизиции были подчинены военные ордена.
Филипп IV находился едва ли не в полном подчинении у инквизиции и часто слепо повиновался ее советам; тем не менее именно в его правление в 1643 году, после конфликта между Супремой и великим инквизитором из-за одного назначения, были выработаны правила о назначении и смещении служителей инквизиции, которые усилили значение королевской власти: отныне Супрема и великий инквизитор должны были представлять королю трех кандидатов на каждую новую должность, и король мог выбрать любого из них.
После смерти Филиппа IV и непродолжительного регентства на престол вступил несамостоятельный Карл II. Он никак не вмешивался в дела инквизиция, а она, в свою очередь, игнорировала права короны. Когда в 1705 году великим инквизитором стал Видаль Марин дель Кампо, ему было предоставлено исключительное право смещения и назначения инквизиционных чинов, и это право осталось за великими инквизиторами до конца существования инквизиции.
После смерти Фердинанда возник вопрос о том, кому принадлежит право назначения великого инквизитора. Папа Адриан VI утверждал, что предоставленная Фердинанду привилегия в этом деле носила индивидуальный характер и не должна переходить на следующего испанского монарха. Карл V не уступал и настаивал на своем праве назначать великого инквизитора, пусть и с согласия папы. В конце концов ему удалось добиться своего: после долгих переговоров 10 сентября 1523 года великим инквизитором стал его кандидат Алонсо Манрике, епископ Кордовы. Император торжествовал, но победа эта не носила принципиального характера, так как Адриан не только не связал себя на будущее никакими обещаниями, но и ясно дал понять, что соглашается лишь постольку, поскольку находит Алонсо Манрике наиболее подходящим кандидатом на пост великого инквизитора. По-видимому, император с этим согласился; во всяком случае, право папы в вопросе назначения великого инквизитора никем из испанских королей вплоть до Карла III не оспаривалось.