Когда прошло первое ошеломляющее впечатление, произведенное эдиктом от 31 марта, евреи стали готовиться в путь. Толедский раввин Исаак Абоаб во главе большой депутации отправился в Португалию, чтобы просить короля Жуана II принять своих соплеменников. Жуан милостиво принял депутацию, и все свидетельствовало о том, что он придет на помощь испанским евреям. И действительно, на заседании грандов Португалии король ясно дал понять, что за известную сумму, нужную ему для ведения войны в Африке, он готов разрешить испанским евреям въезд в Португалию. Этим решением остались недовольны не только португальские гранды, увидевшие в нем оскорбление католицизма, но и местные евреи, испугавшиеся чрезмерного наплыва в Португалии своих несчастных соплеменников, которые, с одной стороны, могли лечь тяжелым бременем на португальские еврейские общины, а с другой — вызвать в стране всеобщий ропот из-за своего большого количества и побудить правительство, и без того враждебно относившееся к евреям, принять против них репрессивные меры. На короля все это влияло, и он вдруг заговорил о временном проживании испанских евреев и даже о всего лишь об их проезде через Португалию. Так как для Жуана II весь вопрос заключался лишь в деньгах, то наибольшие выгоды были даны богатым евреям; из них было выбрано шестьсот, которые получили право постоянного жительства в Португалии за 100 золотых крузадо с человека. Ремесленники, в которых Португалия нуждалась, также были допущены в качестве оседлого элемента; с них взималось по 4 крузадо. Остальная же еврейская масса могла оставаться в стране не более восьми месяцев, причем за право въезда с каждого человека взималось по 8 крузадо. Король, правда, взял на себя обязанность позаботиться о найме дешевых судов для отправки евреев из Португалии в какую-либо другую страну. Не внесшие в королевскую казну денег за право въезда или оставшиеся в стране после указанного для отъезда срока должны были быть обращены в рабство. Около 20 000 семейств, то есть приблизительно 120000 человек, переехало на этих условиях в Португалию. Для жительства им было отведено пять городов вблизи испанской границы. Испанским евреям, обнаруженным в других местах, грозило обращение в рабство.
Бежавшие в Португалию евреи не составляли, однако, всей массы изгнанников. Евреи, жившие на севере Испании, сошлись в Сантандере, чтобы оттуда по морю отправиться в далекое путешествие — частью в Голландию, частью, обогнув Пиренейский полуостров, в Африку и Италию. Другие направились в Марокко, Тунис, Турцию, Неаполь, Венецию, Грецию, в неведомые страны Востока. Некоторые арагонские евреи, преимущественно из Бургоса и Сарагосы, бежали в Наварру; там нашли прибежище около 15000 человек. Вступили эти евреи в Наварру с разрешения наваррской королевской четы или очутились в качестве незваных и непрошеных гостей, сказать сложно; но, во всяком случае, они оставались там недолго, так как Фердинанд Католик потребовал от наваррского короля Хуана де Лабрита принудить их либо принять христианство, либо покинуть страну. В 1498 году эдикт об изгнании евреев был распространен и на Наварру.
Евреям удалось отсрочить время исхода на два дня: вместо 31 июля они покинули Испанию 2 августа — по еврейскому календарю 9 ава; в этот день у евреев принято соблюдать траур в память разрушения Первого и Второго Иерусалимских храмов. В течение некоторого времени до злополучного дня все дороги в портовые и пограничные города были запружены тысячами и десятками тысяч людей; кто мог держаться на ногах, шел пешком, женщины, старики и дети ехали в повозках либо верхом на мулах и ослах. Впереди шли раввины, своим молитвенным пением ободряя павших духом; женщины и дети, по приказанию раввинов, пели песни и били в барабан и цимбалы для того, чтобы рассеивать мрачное настроение толпы. При отсутствии точных данных вопрос о числе евреев, вынужденных в 1492 году покинуть Испанию, остается спорным и решается историками в зависимости от того, к кому из летописцев и современников эдикта об изгнании они питают больше всего доверия. Испанский историк иезуит Хуан Мариана (1537—1624) определяет число изгнанных евреев цифрой 170000 семейств, или 800000 человек, эту же цифру приводит и Хуан Антонио Льоренте (1856—1823). Еврейский историк Генрих Грец (1817—1891) говорит о 300000 изгнанников. Цифры, которые дают другие историки, находятся между двумя этими крайними точками.