Инквизиция, считая магов еретиками, не соглашалась на реформу маркиза Помбаля, предложившего в 1774 году объявить всех магов и вообще людей, считающих себя в силе изменять «непреложные законы природы, установленные Богом», простыми обманщиками, сознательно вводящими других в заблуждение. Этих обманщиков Помбаль предлагал наказывать очень сурово, но при этом в приговорах не перечислять их чудеса, чтобы никто не допускал мысли, что трибуналы и другие суды серьезно считаются с их показаниями. Мало того, если чародей до конца следствия и суда продолжает настаивать на истинности своих слов, он попросту должен быть объявлен ненормальным и отправлен в больницу для умалишенных. Предложение Помбаля, без сомнения, могло бы способствовать искоренению предрассудков в простом народе, но оно бросало невыгодную тень на прошлую деятельность инквизиции, считавшей магов серьезными еретиками, и неудивительно, что инквизиция отвергла его.
Характерно, что преследование магов было более частым явлением в позднейшее время, нежели в первые века существования инквизиции. Так, в отчетах толедского трибунала за 1575—1610 годы из 1172 дел лишь восемнадцать связаны с преследованием за магию. Но спустя сто с лишним лет только на одном аутодафе в Валенсии 1 июля 1725 года из восемнадцати преступников пятнадцать были осуждены за магию. 5 декабря 1745 года в Кордове осудили Педро Алонсо Хурадо по обвинению в том, что он с помощью ведьмы проник в шкаф кордовского монастыря Санта-Клара и рассыпал там любовный порошок; кроме того, у Хурадо имелся заколдованный камень, который приносил ему удачу в карточной игре. Вместе с Хурадо на том же аутодафе по обвинению в магии были осуждены еще четыре человека.
Еще чаще происходили процессы против магов в конце XVIII и в начале XIX века; не без основания некоторые исследователи инквизиции утверждают, что кудесники и чародеи заменили ей исчезнувших евреев и мавров. В 1818 году Супрема предписала севильскому трибуналу арестовать Анну Барберо, обвиненную в соглашении с демоном. 15 октября 1818 года ее осудили на шесть лет изгнания, 200 ударов розог, «легкое отречение» и т. д. 18 июня 1819 года еще одна женщина, Франсиска Ромеро, занимавшаяся лечением посредством магии, была приговорена к изгнанию и 200 ударам, но ей повезло больше — Супрема, рассмотрев приговор, отменила розги.
В противоположность магам, заключавшим лишь временное соглашение с демоном, ведьмы считались окончательно потерянными для христианства, ибо всецело находились во власти сатаны, который избрал их своим орудием для причинения миру зла. Вера в ведьм возникла позже веры в магию; лишь со второй половины XV века папы начинают энергично настаивать на необходимости их преследования. В 1494 году
Первый случай наказания ведьмы отмечен в 1498 году в Сарагосе, когда сожгли Грасию Лавалье. Затем в той же Сарагосе в 1499—1500 годах отправили на костер еще четырех женщин. После этого сарагосский трибунал в течение двенадцати лет ведьм не сжигал, да и в дальнейшем действовал в их отношении не так деятельно, как трибуналы в других местах.
В 1512 году были преданы огню Мартина Гек и Мария де Арбузе, затем в 1522 и 1535 годах сожгли еще двух ведьм. Куда большую активность обнаружил трибунал в Бискайе, где, по подсчетам Льоренте, только в 1507 году сожгли свыше тридцати ведьм. В 1517 году за ведьм всерьез взялись в Каталонии, где, как явствует из распоряжения барселонского трибунала, они особенно разгулялись в горных округах. Трибунал требовал принять все необходимые меры к их искоренению, и в довольно короткий срок в Логроньо были наказаны 150 ведьм.
Есть основание полагать, что в это приблизительно время вера в ведьм стала распространяться по всей стране. Супрема, однако, поначалу в отличие от трибуналов на местах обнаружила дух снисхождения и вместо обычной строгости высказывалась за умеренные наказания. Так, например, в 1522 году двум ведьмам был дарован срок в шесть месяцев для того, чтобы они могли безнаказанно покаяться в своих грехах.