В 1740 году, несмотря на недовольство Супремы, увидевшей в этом посягательство на прерогативы инквизиции, в борьбу с масонством включилась и светская власть. Агенты короля Филиппа V сумели раскрыть ложу в Мадриде, члены которой были приговорены к продолжительным галерным работам. В 1751 году священник Торубия с разрешения папы вступил в ложу, и вскоре благодаря ему правительству и инквизиции стали известны имена всех испанских масонов. Начались многочисленные аресты и ссылки, которые, казалось бы, совершенно уничтожили масонство в Испании. Но всего через несколько лет оно возродилось; причем на этот раз обошлось без участия англичан. Более того, в новую ложу стали вступать высокопоставленные лица, и даже несколько министров Карла III считались ее членами. Эта ложа, со временем получившая название «Великий Восток», встретила соперницу в лице основанной Калиостро «Испанской ложи», которая объединила революционные элементы Испании. В дни, когда Испания была подчинена Наполеоном, члены «Испанской ложи» принимали активное участие в общественно-политической жизни, но после изгнания французов гонения на масонов возобновились.
Папа Пий VII требовал для них строгих кар, настаивал на необходимости конфисковать их имущество и обещал щедрые подарки доносчикам. Инквизиция старалась этим требованиям соответствовать, но, что важно, светская власть, считая, что масоны как политические преступники должны быть подсудны только ей одной, часто игнорировала распоряжения инквизиции, а та, в свою очередь, не желала отказываться от прав, которые считала своими. Порой это приводило к трагическим казусам. Француз Жан Рост был в 1817 году приговорен гранадским королевским судом к ссылке в Сеуту, но, когда он прибыл к месту ссылки, инквизиционный трибунал снова его судил и постановил заключить в сеутскую тюрьму. Насколько инквизиция была щепетильна в этом вопросе, видно из факта, имевшего место в 1815 году. Священник Диего Диликадо узнал о существовании в Ла-Корунье масонской ложи и донес об этом городским властям. Инквизиция сочла нужным наказать его за то, что донос был сделан светской власти, а не инквизиционному трибуналу. При этом инквизиция зорко следила за тем, чтобы все масоны — независимо от того, как к их деятельности относилось государство, — проходили через горнило ее трибуналов.
Исключение коснулось лишь тех, кто был явно замешан в антигосударственных действиях. Так, в 1820 году масоны приняли активное участие в восстании против правительства короля Фердинанда VII, и, когда восстание было подавлено, инквизиция никоим образом не претендовала их судить. Впрочем, и без инквизиции специальные военные суды проявляли в отношении масонов необыкновенную жестокость. В 1825 году в Гранаде к смерти приговорили всех семерых членов тамошней ложи, а поступивший в ложу накануне ареста ученик был отправлен на пятилетнюю каторгу.
Со второй половины XVIII века инквизиция стала привлекать к ответственности по обвинению в новой ереси, которую она обычно называла философствованием или натурализмом. Ересь эта, вызванная французским влиянием, была сравнительно сильно распространена среди высшей аристократии, и инквизиция даже подозревала в ней некоторых министров Карла III, но привлечь их к ответственности не решалась.
В 1776 году в натурализме был обвинен портовый чиновник в Кадисе Луис Кастельянос. Натурализм его заключался в словах, сказанных публично, что нельзя ничего определенного знать о Боге и загробной жизни. На суде Кастельянос сначала отрицал свою вину, но затем сознался и молил о пощаде. Севильский трибунал приговорил его к «легкому отречению», конфискации имущества, ношению санбенито и к десятилетней ссылке в Оран, где он должен был прислуживать в госпитале. На аутодафе Кастельяноса вывели одного — это было во всех отношениях показательное мероприятие, на котором в качестве зрителей присутствовали по приглашению инквизиции многие высокопоставленные лица; по замыслу Супремы, им следовало убедиться, сколь строгие наказания ждут последователей французских просветительных идей.