В 1796 году подвергся преследованию профессор словесности университета в Саламанке, выдающийся ученый Рамон де Салас. Его арестовали по обвинению в пропаганде идей Вольтера, Руссо и других представителей французской философии. Не отрицая своего знакомства с произведениями этих писателей, де Салас утверждал, однако, что не только не является их поклонником, но даже неоднократно публично и в письменной форме выступал с опровержениями их взглядов. Суд дважды его оправдывал, но у него было среди инквизиторов много врагов, и их стараниями Супрема потребовала пересмотра дела, назначила новый инквизиционный суд, и наконец де Салас, все это время пребывавший в тюрьме, был осужден на изгнание из Мадрида. Дело, однако, дошло до короля Карла IV, и он распорядился отменить приговор. Великий инквизитор Лоренсана был крайне возмущен вмешательством короля в инквизиционное правосудие, и между ним и королевой Марией-Луизой произошел крупный разговор, во время которого королева бросила Лоренсане упрек, что «люди, подобные ему, вызывают в Европе революции». Великий инквизитор вынужден был сдаться — не только Салас остался на свободе, но и был подготовлен королевский эдикт о том, чтобы впредь инквизиция никого не арестовывала, не получив санкции короля. Эдикт этот король так и не подписал, но сам факт его подготовки свидетельствовал, что былая сила инквизиции уже надломлена.
Цензура поначалу не входила в функции инквизиции. Когда Фердинанд и Изабелла издали в 1502 году закон о книгах, в нем об инквизиции не упоминалось; властью цензоров, а также правом наказывать типографов, книгопродавцев и распространителей книг были облечены архиепископы и епископы, а в некоторых местах и суды. В инструкциях Торквемады и ближайших его преемников также ничего не говорилось о цензуре.
Первым шагом в передаче цензуры в ведение инквизиции можно считать приказ Римской курии, данный в 1526 году испанской инквизиции, следить за тем, чтобы в Испанию не привозились и не получали в ней распространения лютеранские книги. Воспользовавшись этим приказом, великий инквизитор Адриан фактически присвоил инквизиции цензорскую власть. Отныне, согласно распоряжению Адриана, инквизиторы могли запрещать те или иные книги и требовать, чтобы в течение трех дней они были выданы для сожжения. Всем, кто будет этому противиться, Адриан грозил жестокими карами. За этим распоряжением последовал ряд разъяснений. Трибуналы были поставлены в известность, что многие еретики выпускают предосудительные произведения под чужим именем, часто прибавляют опасные комментарии к дозволенным книгам, ложно и в еретическом духе толкуют самые безобидные тексты и т.д. Поэтому инквизиция требовала от трибуналов не только розыска авторов зловредных сочинений, но и их внимательного прочтения. Каждый трибунал обязан был назначить специального человека, чтобы он контролировал книжные магазины, и когда вальядолидский трибунал не сделал этого, Супрема поставила ему на вид. Цензура, таким образом, стала орудием инквизиции, но открыто об этом было сказано лишь в 1539 году, когда великим инквизитором был назначен Тавера — в данных ему полномочиях говорилось о преследовании обладателей и читателей еретических книг.
Этим цензура инквизиции, однако, не ограничилась. Еще в 1527 году она стала выдавать разрешения на печатание книг, причем это делали отдельные инквизиторы по собственному усмотрению, из-за чего случалась неразбериха, когда один инквизитор разрешал то, что запрещал другой. Супрема в 1530 году отобрала у инквизиторов это право, и с этого момента только она одна принимала такие решения. Сначала она не требовала, чтобы ей предоставлялись все подлежащие печатанию рукописи, — это происходило выборочно и только в особых случаях, но в 1536 году было объявлено, что отныне ни одна книга не должна печататься без предварительного разрешения Супремы. Но, похоже, это решение так и не вступило в силу, и в 1550 году предварительная цензура была предоставлена исключительно королевскому совету. На долю Супремы же выпало изымать из обращения книги, которые она считала еретическими, несмотря на то, что светская цензура их предварительно одобрила. Изъятие это могло быть полным, и тогда все экземпляры преступной книги торжественно сжигались, или частичным, когда уничтожались страницы книги, которые инквизиция полагала еретическими. Об изъятии Супрема извещала трибуналы особым эдиктом, который читался в церквах и прибивался к их дверям, чтобы никто не мог оправдываться неведением. Со временем, когда число недозволенных книг резко возросло, потребовались особые их каталоги: так, появился