Порой цензура испанской инквизиции принимала политический характер. При Филиппе IV она активно выявляла книги, которые содержали в себе непочтительные слова о короле и его приближенных. Весьма показательно и то, что инквизиционная цензура выступила на стороне королевской власти в ее борьбе против чрезмерных притязаний Римской курии. Последняя включала в свои
В 1634 году Филипп IV, раздраженный запрещением книг, выступавших в защиту королевских прерогатив, известил папу Урбана VIII, что он примет меры к изъятию книг в защиту папской власти, если курия не изменит своей цензурной политики. Угрозы эти не возымели действия, и тогда в октябре 1646 года Филипп обратился к Супреме с просьбой высказаться о действиях Рима. Супрема эти действия самым резким образом осудила, указав, что многие книги, запрещенные курией, написаны в самом что ни на есть католическом духе. В ноябре 1646 года Филипп опубликовал эдикт, которым папские распоряжения о ряде книг были признаны недействительными. Одновременно папский нунций получил строгое внушение, а испанскому послу при курии было велено сообщить курии о твердом решении короля стоять на страже интересов собственной власти и инквизиции. Но и после этого Рим не сразу счел себя побежденным, и инквизиции стоило немало труда окончательно вытеснить курию из области цензуры, которой Супрема желала владеть безраздельно.
Надо признать, что, хотя инквизиция не была политическим учреждением, испанская светская власть порой использовала ее для достижения политических целей. Так, в 1507 году, когда знаменитый Чезаре Борджиа, сын папы Александра VI, после многих перипетий бежал в Наварру, где стал во главе войска наваррского короля Жана III, Фердинанд II попытался уничтожить своего врага, убеждая инквизицию, что Чезаре Борджиа святотатец, атеист и материалист. Когда Фердинанд в 1516 году умер и низложенный за четыре года до этого Жан III попытался силой вернуть себе Наварру, испанское правительство привлекло инквизицию к следствию, которое выявляло сочувствующих бывшему наваррскому королю. Инквизиция тем охотнее оказала эту услугу Испании, что опасалась победы Жана, который не хотел ее чрезмерного усиления.
Нередко также светская власть обращалась к инквизиции, когда желала наказания духовного лица, оказавшегося в оппозиции к ней. Так, пострадал известный историк иезуит Хуан Мариана. В 1609 году он издал в Кельне книгу с рассуждениями об испанской монетной системе, в которой содержалось немало резких выпадов в адрес правительства и, в частности, королевского фаворита герцога Лермы. Так как Мариана занимал видное положение, правительство не решилось прямо выступить против него, но Филипп III по инициативе Лермы обратился к папскому нунцию, который, со своей стороны, побудил толедский трибунал начать против Марианы преследование. Мариана был арестован и просидел в тюрьме год, и случай с ним далеко не единственный. Сохранился меморандум, направленный в 1632 году барселонским инквизиционным трибуналом королю Филиппу IV, где перечисляются услуги, оказанные трибуналом, среди которых были и аресты влиятельных лиц. Впрочем, и без всего этого очевидно, что королевская власть при необходимости опиралась на помощь прекрасно организованной и распоряжавшейся бесчисленными шпионами инквизиции. Почти во всех интригах, случавшихся при дворе, можно отыскать след инквизиции. Среди прочего, например, она сыграла важную роль в падении фаворитов Родриго Кальдерона и Оливареса.