Впервые Index был напечатан в 1546 году университетом в Лувене (Фландрия). Супрема перепечатала его с особым приложением, в котором перечислялись запрещенные только в Испании книги; в таком почти виде (пока печатали, были запрещены еще некоторые книги, и их названия вписали вручную) Index
был 1 сентября 1547 года разослан трибуналам. В 1550 году лувенский университет составил второй Index, который в 1551 году с некоторыми дополнениями, сделанными Супремой, получил широкое распространение в Испании. С 1559 года инквизиция получила право самостоятельно, не сносясь предварительно с Римской курией, составлять свои списки недозволенных книг, которые все разрастались вследствие включения в них множества протестантских произведений и разнообразных изданий Библии с комментариями, признанными еретическими. Заведующий составлением каталога запрещенных книг доктор Франсиско Санчо предложил Супреме в 1559 году включить в Index произведения Платона, Аристотеля, Сенеки, Феофилакта, Тертуллиана, Лактанция, Оригена и многих других, поскольку нашел в их произведениях еретические мысли. Но Супрема не решилась взять на себя ответственность за изъятие из обращения книг, которые служили главным предметом изучения в университетах. С другой стороны, она назначила специальных ревизоров, которые должны были объехать все монастыри и университеты, посетить магазины и частные библиотеки на предмет выявления вредных книг; также под страхом отлучения от церкви и штрафа в 200 дукатов все владельцы книг отныне обязаны были присылать Супреме на просмотр подозрительные сочинения, которые оказывались у них в руках.Одним из первых подвергся гонению со стороны инквизиционной цензуры Эразм Роттердамский. Еще в 1515 году его произведения энергично защищал от инквизиции кардинал Манрике, который, став через восемь лет великим инквизитором, сам же и запретил их. Затем были запрещены учебники латинской и греческой грамматики, получившие всеобщее распространение в 30-х годах XVI столетия, и попали под подозрение все книги, напечатанные в Германии после 1519 года; были конфискованы и уничтожены даже многие католические книги, прежде не вызывавшие никаких нареканий. Супрема потребовала также, чтобы все университетские профессора теологии под угрозой отлучения от церкви выдали трибуналам имеющиеся у них Библии на еврейском и греческом языках.
Светская власть во всем, что касается цензуры, поддерживала инквизицию. В 1558 году был издан закон, каравший смертью и конфискацией имущества продававшего или хранившего у себя осужденные инквизицией книги; последние в случае обнаружения подлежали публичному сожжению.
В силу этого же закона во всех книжных магазинах на виду у публики должен был находиться Index
, по которому покупатели обязаны были сверяться, делая покупки. Были назначены специальные королевские ревизоры, на обязанности которых лежал надзор над ввозом иностранных книг и контроль над книгами, обращавшимися в Испании. Распространение рукописи без предварительного разрешения королевского совета наказывалось смертью и конфискацией имущества.Цензура книг требовала внимания и широкой эрудиции.
В 1596 году мурсийский трибунал предложил патеру Арсе и его брату цензурировать сочинение «Театр человеческой жизни» врача Теодора Цвингера, вышедшее в 1565 году в Базеле в восьми объемных томах. Арсе работал над выполнением этой задачи много лет; в результате только перечисление мест, запрещенных в труде Цвингера для чтения, заняло в Index’e
38 страниц. Нередко цензорам давали на просмотр книги через 30—40 лет после их выхода в свет, и любители чтения подвергались преследованию, не зная, что книги, безнаказанно находившиеся в их библиотеке в течение нескольких десятков лет, вдруг почему-то попали в Index. Опубликование нового Index’a влекло за собою продолжительные обыски во всех публичных и частных библиотеках, причем не делалось исключения и для самых высокопоставленных лиц. В 1612 году не была пощажена даже королевская библиотека в Эскуриале, и король вынужден был просить не удалять из нее запрещенные книги и не выдирать отдельные страницы из книг, приговоренных к частичному уничтожению.