Как бы отвечая на эту просьбу, великий инквизитор Бернардо де Сандовал-и-Рохас издал 12 ноября 1613 года эдикт, согласно которому книги, не имеющие отношения к религии и церкви, но исходящие от авторов, другие произведения которых признаны еретическими, следовало пометить особо, и читать их разрешалось только приору монастыря, главному библиотекарю и профессорам; теологические произведения, сочинения по истории церкви и папства должны были быть помещены в особую комнату, и их читать могли лишь приор и главный библиотекарь с особого разрешения великого инквизитора и Супремы. Раввинские сочинения и Библии с еретическими комментариями на испанском языке также было предписано держать в особом месте и на них сделать отметку, что они запрещены; их разрешалось читать приору, главному библиотекарю и профессорам. Наконец, медицинские сочинения, написанные авторами, книги которых признаны запрещенными, мог читать только монах, заведующий аптекой в Эскуриале.
Пристальное внимание со второй половине XVI века инквизиция стала обращать на книги, ввозимые из-за границы. Отчет севильского трибунала от 25 сентября 1558 года дает представление о том, как инквизиторы боролись с иностранными книгами. «Мы получили, — говорится в нем, — приказ о принятии мер против привоза книг на судах, и с нашей стороны было сделано все возможное, чтобы этому помешать. В момент прибытия судов мы отдали распоряжение тщательно обыскать суда. Находящиеся на судах товары могли быть выгружены лишь после того, как мы твердо установили, что в мешках не зашиты иностранные или вообще запрещенные книги. Найденные нашими комиссарами в различных гаванях книги отправлены инквизиционному трибуналу, а товар, предназначенный в Севилью, запечатан и может быть распечатан лишь в присутствии ревизора инквизиции, который удостоверит, что нигде нет никаких книг. Все книги, которые, как нам кажется, прибыли в Севилью водой или вообще доставлены сюда из других городов, переданы трибуналу для просмотра, и те, что были найдены им подозрительными или вредными, задержаны». И т.д. Подобно ввозу и вывоз книг нуждался в особом разрешении и зависел от усмотрения инквизиционных ревизоров. Например, в 1560 году по распоряжению Супремы была обыскана библиотека кардинала Поле, отправленная из Испании в Венецию.
Дабы ученые-теологи могли опровергать еретические утверждения, некоторым из них разрешалось читать даже самые «вредные» книги. Сначала такое разрешение мог дать только папа, но затем это право присвоили себе инквизиторы. Лицензии на чтение еретических сочинений стали выдаваться не только Римской курией, но и Супремой и даже, без особых затруднений, отдельными трибуналами; последние, как правило, делали это за определенную мзду. Чтобы положить конец злоупотреблениям, Супрема отобрала в 1547 году все выданные раннее трибуналами лицензии.
В последующие годы разрешения на чтение еретических книг выдавались в ограниченном количестве, причем в отдельные периоды дело было поставлено так, что даже король не мог в этом вопросе пренебречь мнением инквизиции.
В 1640 году Филипп IV сообщил великому инквизитору Антонио де Сотомайору, что он давно уже в свободное время читает «Историю Флоренции» итальянского историка Гвиччардини; теперь, узнав, что она запрещена, его величество просил выдать ему разрешение на чтение как этой книги, так и других запрещенных книг, не имеющих религиозного характера. Со временем выдача разрешений стала зависеть лишь от великого инквизитора, причем одни великие инквизиторы раздавали их довольно щедро, а другие, наоборот, крайне скупо. В 1747 году, однако, великий инквизитор Прадо-и-Куэста вынужден был опять аннулировать все лицензии ввиду того, что многие из них оказались в руках случайных людей.