Применение силы было серой зоной в делах Исполнительного комитета Еврейского агентства. Его главе было поручено вести дела с мандатным правительством, и он был обязан неукоснительно соблюдать закон. Было немыслимо, чтобы такой орган занимался какой-либо подпольной деятельностью. Следовательно, Haganah официально не была связана с сионистским Исполкомом; первоначально ею руководила Histadrut, а затем – национальное командование. На самом деле с начала 1930-х годов, после того как Mapai присоединилась к руководству Еврейского агентства, и особенно после того, как Бен-Гурион присоединился к нему в 1933 году, преобладала двусмысленная ситуация: глава Исполнительного комитета Еврейского агентства якобы был ни при чем, но Haganah приняла его авторитет. В Mapai небольшой круг людей не имел официальных должностей в сионистской исполнительной власти, но им было поручено инструктировать и руководить военизированными формированиями. Самыми значимыми из них были Берл Кацнельсон и Элиаху Голомб. Во времена военного сотрудничества с властями, например во время арабского восстания и первых двух лет мировой войны, двусмысленность несколько разрешалась, хотя Haganah никогда не отказывалась от своей независимости и самостоятельной структуры. В периоды конфликтов и беспорядков, например после публикации Белой книги 1939 года и после мировой войны, Haganah уходила глубже в подполье. Тем не менее власти хорошо знали о ее связи с Исполнительным комитетом Еврейского агентства. Неслучайно во время британской военной операции «Черная суббота» (официальное название операция «Агата») в июне 1946 года правительство арестовало всех лидеров Histadrut и членов сионистского Исполкома, до которых ему удалось дотянуться.
Еще одной серой зоной деятельности сионистской исполнительной власти была нелегальная иммиграция, которая началась с организации Hechalutz в Польше. Долгое ожидание, прежде чем евреи смогут эмигрировать, натолкнуло участников на мысль, чтобы доставить в Палестину корабли с нелегальными иммигрантами без ведома властей. Эта идея была подхвачена движением Betar, которое из-за схемы Жаботинского обойти администрацию Еврейского агентства для получения иммиграционных сертификатов вовсе потеряло право на их получение. В течение 1930-х и вплоть до 1941 года Betar организовало несколько судов для нелегальных иммигрантов. В качестве прикрытия для нелегальной иммиграции также использовался туризм на Маккабиаду 1935 года; многие люди, приехавшие в Палестину в качестве туристов, остались там нелегально.
Исполнительный комитет Еврейского агентства двусмысленно относился к этим операциям, ограничивавшим единственные прерогативы, которыми оно располагало, – отбор иммигрантов в категории рабочих, – и делал иммиграцию менее избирательной, тем более что в любом случае более половины иммиграционных виз не подпадали под контроль исполнительной власти. Более того, мандатные власти вычли количество нелегальных иммигрантов из иммиграционной квоты, что стало еще большим ударом для исполкома. Однако после 1938 года, когда мандатная администрация начала ограничивать иммиграцию по политическим мотивам, Бен-Гурион перестал выступать против нелегальной иммиграции и начал ее поддерживать. На Двадцать первом сионистском конгрессе в Женеве Берл Кацнельсон выступил с речью в поддержку нелегальной иммиграции, что вызвало одобрение у Бен-Гуриона. С тех пор Исполнительный комитет открыто поддерживал как легальную, так и нелегальную иммиграцию. После мировой войны нелегальная иммиграция стала одним из основных инструментов Исполкома ВСО в борьбе с британскими ограничениями на иммиграцию евреев.