В 1663 году в Нежине выбран в гетманы Иван Брюховецкий, который ещё недавно, под именем Мартынца, был слугою у Юрия Хмельницкого. К нему снова является войт черниговский с бурмистратами, показывает грамоты на магдебургское право, универсал Б. Хмельницкого, данный в таборе под Переяславлем, и гетман снова приказывает войсковой старшине черниговской, чтобы «млинов, шинков и инших меских доходов спокойне без жаднои ни од кого перешкоды заживали», а иначе «строго карати без одпусту будемо». В Батуринских статьях, постановленных с Брюховецким в 1663 году, было предъявлено в Малороссии давно уже известное в московских областях запрещение, чтоб жители малороссийских городов с вином и табаком в Московское государство и украинные города не ездили, и у «виновных вино и табак имать на великого государя безденежно». Гетман и старшина на это условие согласились, и Брюховецкий подписался: «Его царского величества холоп гетман Брюховецкий». С этих пор условие это постоянно повторялось: в Переяславских статьях 1667 года, в Глуховских 1669 года, при избрании гетмана Многогрешного, и в Переяславских статьях с гетманом Самойловичем. Но из малороссийских городов по-прежнему возили вино в Московское государство, и в 1683 году вышел указ, чтоб у черкас, приезжающих из Малороссии с вином и табаком, вино и табак отбирать, а природных черкас и иностранцев высылать из русских городов. Это повеление вошло и в условия при избрании гетмана Мазепы в 1687 году. Брюховецкий, не находя в Гетманщине никакой поддержки, поехал в Москву
В это же время было подтверждено данное разным городам магдебургское право. Как оно соблюдалось теперь, это видно из жалобы нежинских мещан, доведённых в 1682 году до «остатней наготы». Они говорили: «Грамотами утвержденные доходы на ратушу, весовое, померное, подводное, дехтевая торговля, также мельницы овдеевские, о пивном доходе, хто на шинк похочет, по осьмачки солоду и золотому грошей повинен дата, также по две копейки от ведерка повинен платить хто на шинк похочет сытить мед, и от шинковных дворов хозяйских, как и от прочих приходящих всех в годы, и от их погребов по полуполтине с погреба давать. А те все доходы по королевским привилеям, и по подтвержденным грамотам великого государя нашего, его царского ве- личества, света нашего, смиренно упадаючи до лица земли, милости просим, чтоб по прежним жалованным грамотам те все доходы при ратуше нежинской и магистрату того ж ненарушимы и невредны были для многих грацких расходов». Государь пожаловал их, «велел быть по их челобитью».
К внутренним неустройствам Украины присоединялись отголоски московской стрелецкой смуты. В южном Переяславе перестали слушаться воеводы, овладели кабаком, в приказной избе посадили простого стрельца, отставили своих пятисотенных и десятников, одного пятисотенного чуть не убили, а на их место выбрали других.