Когда все средства на мирное улажение вопроса были исчерпаны, император прибег к силе и изгнал из пределов империи курфюрста Саксонского и ландграфа Гессенского (20 июля 1546 г.). Последние, однако, не были застигнуты этим врасплох; они давно готовились к войне и нашли поддержку у своих союзников и, между прочим, на юге Германии. Со своей стороны, император получил помощь со стороны нескольких протестантских государей, как, например, Морица Саксонского, которому Карл V обещал звание курфюрста и часть территории его двоюродного брата. Война не затянулась. Южно-немецкие протестанты вскоре изъявили покорность. Иоанн Фридрих Саксонский весной 1548 г. был разбит при Мюльбурге и попался в плен. Вскоре принужден был уступить превосходным силам противника и ландграфа Филипп Гессенский. Архиепископа Кельнского Германа заставили сложить сан, а потерпевшие от реформации Юлий Пфлуг и принц Генрих были восстановлены в правах: один в своей епархии Наумбург-Цейтской, а другой в своем княжестве Брауншвейг-Вольфенбюттеле.
Побежденные должны были дать обещание признать Тридентский собор и послать туда депутатов. Однако во время войны сам будущий собор вызвал разногласие между папой и императором и потому был перенесен в Болонью. При таких обстоятельствах выступил в Аугсбурге (1548 г.) единолично сам Карл V с проектом временного церковного устройства (интерима). В основе оно было католическим, но делало протестантам уступки в вопросе о браке священников и о причащении мирян под двумя видами. Временным соглашением протестанты должны были руководиться во всей империи впредь до окончательного решения вопроса собором. Так как католики отклонили интерим, как неприемлемый, то соблюдение его было обязательно только для протестантов. Напротив, для католиков был издан целый ряд реформационных декретов. Настоящего успеха, однако, не достигла ни одна сторона. Особенно серьезное сопротивление повсюду встретил так называемый интерим. Без особых затруднений пошли на этот компромисс протестанты Вестфалии и рейнских провинций; напротив, на севере Германии было оказано упорное сопротивление. Даже Саксония, для которой Мориц путем «Лейпцигского интерима» добился более благоприятного для протестантов положения, и та отнеслась к интериму весьма враждебно. Напротив, Южная Германия по большей части послушно покорилась. Вследствие этого новая вера на некоторое время должна была стушеваться даже в протестантских государствах и городах.
Окончательный исход событий далеко не соответствовал ожиданиям императора. Правда, когда открылся в 1552 г. Тридентский собор, то протестанты послали туда депутатов. Сделали они, однако, это лишь после того, как несколько государей, в том числе Мориц Саксонский, сплотились для поддержки своей религии и, в союзе с Францией, нашли опору своему делу за пределами государства. Весной 1552 г. они опустошили католические области. Положение императора было тем более опасно, что ему одновременно приходилось вести войну на два фронта — с Францией и с турками. При таких условиях Карл V должен был согласиться на Пассаусский договор. Мир с протестантами был заключен и было условлено в течение ближайших 6 месяцев созвать сейм для заключения соглашения.