С самого начала реформации стали раздаваться голоса, требовавшие созыва Вселенского собора. Последний, казалось всем, разрешит спорные вопросы. Правда, протестантами авторитет его был вскоре отвергнут. Напротив, сторонников католической церкви не покидала надежда на восстановление при его посредстве церковного единства. Путем церковной реформы, которую он должен был осуществить, думали примирить расколовшихся.
Собору, однако, предстояло преодолеть большие трудности. Папа Павел III в его осуществлении видел главную задачу своего церковного управления. И, тем не менее, до созыва собора прошло свыше 10 лет. Когда, наконец, в приглашении был указан сборным пунктом Тридент, собору грозила почти такая же участь. Так как незадолго перед тем началась война между германским императором и французским королем, то немедленно пришлось отложить собор до более благоприятного момента. Только примирение обоих монархов в Креспи (1544 г.) открыло лучшие перспективы. В приглашении сроком созыва собора была определена весна 1545 года. Открытие произошло в конце года. Одно время казалось даже, что оно замедлится еще более. Дабы не раздражать протестантов, к которым желали применить более решительные меры, император добился отсрочки собора до ближайшей весны или исключения из программы вопросов религиозной догмы. Напротив, папа требовал перенесения заседаний собора в Италию или, по крайней мере, отсрочки для переговоров о церковной реформе. По мысли папы должны были рассматриваться в первую очередь только вопросы веры. При таких обстоятельствах состоялось первое собрание собора в воскресенье на 3-й неделе Филиппова поста 1545 г.
В виду незначительного числа явившихся, собор занялся сначала вопросами общего и подготовительного характера. Прежде всего был выработан наказ. Несмотря на противоположные требования папы и императора, здесь было решено рассматривать вопросы церковной догмы и дисциплины одновременно и параллельно. Задача догматическая предуказывалась, ближайшим образом, оппозиционной программой реформации. В соответствии с этим в качестве руководящей нормы рядом со Святым Писанием было провозглашено также и предание. Святое Писание должно быть толкуемо на основании интерпретации церкви и unanimis consensus patrum. Наконец, в качестве подлинного издания латинской библии была признана «Vulgata» (Sess. IV). После того как протестантскому формальному принципу был противопоставлен, таким образом, католический, в двух следующих заседаниях было формулировано учение о первородном грехе (S. V) и о спасении (S. VI), что явилось главным пунктом разногласия старого и нового вероучений. Вслед за этим приступили к учению о таинствах и ближе всего разъяснили учение о средствах спасения вообще и о крещении и миропомазании в частности (S. VII). Одновременно с этим было издано несколько реформационных декретов. Потом последовал четырехлетний перерыв в работах собора.
Место собора не нравилось Риму. На Триденте сошлись под влиянием крайней необходимости. Папские легаты настаивали на перерыве или перенесении места заседаний собора. Вследствие этого, когда весной 1547 г. в городе появилась эпидемия сыпного тифа, то это явилось достаточным поводом для выполнения намеченного плана. Большинством голосов было постановлено перенести место заседания в Болонью (S. VIII). Итальянцы и некоторые другие иерархи, приблизительно в числе более 2/3 общего числа голосов, немедленно туда перебрались, тогда как испанцы остались в Триденте. Папа утвердил новое место заседания собора. Напротив, император был весьма недоволен этим обстоятельством, так как оно расстраивало его планы о примирении с протестантами. Он силой заставил последних повиноваться. Собор должен был, согласно его начертаниям, подчинить их церкви. С перенесением собора в город папской области все это рушилось, так как, конечно, было невозможно рассчитывать на появление протестантов на соборе. Отсюда немедленно была применена редукция и этим путем, по крайней мере, достигли того, что болонские соборные декреты не были опубликованы. Оба заседания, 9-е и 10-е, которые там имели место, занялись, главным образом, подготовкой к ближайшей публикации. Конфликт привел в 1549 году даже к приостановке заседаний собора. Папа умер в том же году. И если, с одной стороны, из-за этого разъехались также и те участники собора, которые находились в Триденте, то, с другой стороны, смерть папы облегчила возобновление переговоров. Кардиналы обещали в конклаве пойти навстречу желаниям императора и, в силу этого, новый папа, Юлий III, бывший председатель собора дель-Монте, после некоторых колебаний согласился на возобновление собора в Триденте.