Высказанный Феодором взгляд сначала не выходил из пределов школы. Когда же Несторий, ученик Феодора, сделался епископом Константинопольским (428 г.), то он стал проводить его с кафедры. Последовавший за ним из Антиохии к его новому месту служения пресвитер Анастасий в одной из своих проповедей обрушился на наименование Пресвятой Девы Богородицей, чем вызвал в Константинополе немалый соблазн, который стал еще более, когда вступился за него Несторий и стал опровергать иные покоящиеся на «Communicatio idiomatum» выражения. Даже вдали немедленно поднялось сопротивление. Уже в своей пасхальной проповеди 430 г. против учения Нестория выступил Кирилл Александрийский. Папа Целестин в том же году отверг это учение на Римском соборе и от своего имени уполномочил Кирилла потребовать от Нестория отречения от его лжеучения и присоединения к тому, которое в то время было в качестве церковного формулировано Кириллом в его 12 главах или анафематизмах. Несторий, однако, с этим не согласился и противопоставил им свои 12 антианафематизм. Так как учение Кирилла многих не удовлетворило, то за Нестория немедленно вступились его единомышленники и союзники и прежде всего Иоанн Антиохийский и Феодор Киррский. Впрочем, надо согласиться, что, по крайней мере, отдельные слова Кирилла могли вызвать это противодействие. Вполне в духе александрийской школы и по примеру св. Афанасия в третьей главе Кирилл против соединения антиохийцев говорил об естественном единстве. Вместе с этим соединение природ должно было представляться естественным, действительным и истинным. Но если была правильна мысль, то, во всяком случае, употреблено не подходящее слово. Антиохийцы понимали это в смысле единства в одном естестве.
Вследствие спора противоположность эта обострилась. Не мог ее смягчить даже Вселенский собор, который был созван на Пасху 431 г. в Ефесе. Напротив, рознь после него сделалась его больше. с самого начала обнаружились нехорошие признаки. Иоанн Антиохийский, несомненно умышленно, задерживал свое прибытие, а Кирилл Александрийский открыл собор вопреки прямому предписанию императорского комиссара, требовавшего подождать антиохийцев еще в течение четырех дней. В первом заседании по рассмотрению святоотеческих доказательств в пользу Богородицы было установлено правильное учение о соединении двух естеств во Христе и одновременно с сим произведено низложение Нестория. В это время, наконец, в Ефес прибыл Иоанн. Со своими 43 епископами он немедленно составил свой особый собор, на котором низложил Кирилла и Мемнона Ефесского. В ближайшем заседании последние ответили на это анафемой. Так явилось два враждебных друг другу собора. Император сначала утвердил постановления обоих собраний. Потом, чтобы достигнуть соглашения, он пригласил представителей от этих двух партий в Халкидоне. Когда перемирие не состоялось, то Феодосий предпринял противоположное решение. Несторий был заточен, противники занялись посвящением нового епископа для столицы, собор распущен, декрет против Кирилла и Мемнона отменен. Но между епископами распря продолжалась. Недовольные приговором против Нестория антиохийцы обвиняли Кирилла в арианстве и аполлинаризме и по возвращении на родину повторили анафему над ним и его приверженцами. Примирение состоялось впервые только в 433 г., когда Кирилл принял символ, представленный ему Иоанном еще в Ефесе (отсюда так наз. Symbolum Ephesinum), а этот согласился признать приговор по делу Нестория. Но и теперь мир еще не был всеобщим. Так как в названном символе человеческая природа Спасителя была названа храмом Логоса, то Кирилл перед своими сторонниками оправдывался, что поддался на несторианское выражение. С другой же стороны, большая часть сотоварищей Иоанна отказалась анафематствовать Нестория. Вследствие этого понадобилась угроза императора смещением, чтобы, по крайней мере, побудить большинство к принятию унии.
Вследствие последующих мероприятий несторианство быстро исчезло в Римской империи. Так как писания Нестория были запрещены, то последователи его обратились к изучению творений Феодора Мопсуетского и Диодора Тарского, для чего ими, главным образом, Равуллой Эдесским, была основана эдесская школа, твердыня несторианского вероучения. Особенно лжеучение это утвердилось в Персии, куда переселились вследствие преследования их в Римской империи его последователи, и где в особенности подвизался в его распространении епископ Варсума Низибисский (около 450–490 гг.). Во времена митрополита Бабея Селевкие-Ктезифонского (497–503 гг.) последовало формальное отделение их от имперской церкви и образование своей собственной церкви с католикосом или патриархом во главе. В ближайшие столетия церковь эта приобрела огромное влияние и широко распространила свои пределы в Азии. К ней примкнули также и остиндские фомисты. С XIV в., однако, она быстро и сильно стала клониться к упадку.
§ 55. Монофизитская борьба и Четвертый Вселенский собор 451 г