Вступив в Милан, он издал приказ, чтобы в церквах был совершен благодарственный молебен – «в благодарность за освобождение Италии от еретиков и неверующих», – намекая при этом отчасти на ту помощь, которую англичане оказали австрийцам, когда они блокировали гавань Генуя, отчасти на снабжение Венеции жизненными припасами со стороны Турции. 5 июня 1800 года он сам обратился с речью к духовенству города «Я желал», – говорил он, «видеть всех вас собранными, чтобы иметь удовольствие выразить те чувства, которые я питаю в отношении католической, апостольской, римской религии. Я убежден, что эта религия есть единственная, которая может приносить счастье благоустроенному обществу и составлять твердую основу для всякого правительства. Даю вам уверение, что всеми средствами буду стараться защищать и охранять ее. Я смотрю на вас, как на самых дорогих моих друзей. Здесь перед вами я обещаю, что каждый, кто позволит себе хотя малейшее презрение к нашей общей религии, или кто осмелится причинить хотя малейшее оскорбление вашим священным личностям, будет считаться нарушителем общественного спокойствия и врагом общественного блага. Такового я подвергну строжайшему публичному наказанию, и даже, если бы оказалось нужным, смертной казни. Я хочу, чтобы христианская католическая, римская религия сохранялась во всей ее неприкосновенности и чтобы она отправлялась открыто, и чтобы далее она пользовалась столь же полным, столь же широким, столь же безграничным общественным исповеданием, как и в то время, когда в первый раз я посетил эту счастливую страну. У Франции, наученной всеми своими страданиями, наконец, открылись глаза; она признала, что католическая религия есть единственный якорь, который во время треволнений может опять дать ей устойчивость и твердость и спасти ее от бурь: поэтому она опять восстановила у себя эту религию. Я не буду отрицать того, что в этом прекрасном деле я принимал большое участие. Могу только сообщить вам достоверное известие, что теперь во Франции церкви опять открыты: католическая религия там опять получила свой прежний блеск, и народ с благоговением взирает на своих благочестивых священников, которые, исполненные ревности, возвращаются к своим покинутым паствам. Постигшая покойного папу судьба отнюдь не должна внушать вам опасения. Пий VI обязан был теми страданиями, которые постигли его, отчасти интригам своих собственных советников, отчасти жестокой политике Директории. Если я найду случай переговорить с новым папой, то надеюсь, что в состоянии буду устранить все препятствия, которые еще могут стоять на пути к полному примирению Франции с главою церкви». Эта речь отнюдь не предназначалась для одного только духовенства. Она была напечатана, «чтобы не только Италия и Франция, но и вся Европа могла узнать о намерениях первого консула».