Вообще Геленджикский отряд не был поставлен в надлежащее положение и в военном отношении. Как видно из рапорта коменданта Геленджикской крепости полковника Чайковского от 23 августа 1832 года, ему, как коменданту, не хотел подчиняться командир Геленджикского отряда судов капитан-лейтенант Аркас, отославший ему назад пакет с приказом о вступлении в должность коменданта нераспечатанным и заявивший, что приказ этот адресован на его имя по ошибке. Чайковский просил командующего войсками Вельяминова установить, в видах единства власти, правильные отношения, при которых он мог бы распорядиться, в случае нападения черкесов на крепость, своевременным обстреливанием судами неприятеля с флангов крепости.
В этом году капитан 2-го ранга Немчинов распорядился, чтобы до тех пор, пока не будет построено укрепление в Геленджике, в бухте стояли бы два военных брига для прикрытия флангов лагеря, а по окончании постройки одно судно для сношения между Геленджиком и Анапой. Для крейсирования дальше от Геленджика предполагалось назначить также одно судно, которое должно помесячно сменяться стоящими в Геленджиской бухте судами. В октябре 1832 года командир Черноморского флота адмирал Грейг уведомил командира Геленджикского отряда судов, что, согласно воле Государя, для крейсерства вдоль Черноморского побережья назначаются два отряда военных судов — один от Анапы до Гагр, а другой от Гагр до Редут-Кале, и что каждый отряд будет подчиняться местному начальнику сухопутных войск. Таким образом, претензия полковника Чайковского была этим распоряжением устранена, но предварительно и капитан-лейтенант Аркас получил выговор и должное разъяснение относительно нетактичности его поведения. Вообще же командующий отдельным корпусом барон Розен считал необходимым не вызывать никаких столкновений с горцами и обходиться на первое время с ними возможно дружественнее. Он выразил даже порицание полковнику Боровскому, пославшему отряд для фуражировки в окрестности Геленджика, причем пришлось вступить в перестрелку с горцами и потерять в отряде одного убитым и четырех ранеными.
К концу 1833 года Геленджикское укрепление приняло уже характер постоянного селения. Но так как в это время продолжало еще существовать сомнение на счет преимуществ северной стороны бухты перед южной, то барон Розен поручил выяснить этот вопрос генералу Малиновскому, стороннику южной стороны. В декабре 1833 года по поручению Малиновского инженер-полковник Баумер осмотрел вместе с полковником Чайковским «весь бассейн залива» и снабдил подробными наставлениями инженер-поручика Агафоновского о нанесении тригонометрической сети вокруг бухты. В это время вся северная сторона бухты обитаема была еще черкесами, и для снятия ее потребовалось сильное военное прикрытие. Организовавши съемку Геленджикской бухты, инженер Баумер представил следующие соображения барону Розену.
Геленджикское укрепление было расположено в той части бухты, которая изобиловала наиболее богатыми источниками хорошей пресной воды. Офицеры Геленджикского отряда «единогласно уверяли, что на севере бухты в прошлом году водные источники совершенно иссякли». Баумер поручил Агафоновскому проверить этот факт. Ближайшие к крепости сухие и каменистые крутизны, по мнению Баумера, могли иметь вредное влияние на людей в жаркую пору, при уклоне этих мест к полудню. Между тем «долина, занимаемая укреплением, обращена к северо-западу и оказалась здоровой для жительства, а также обитаема была издавна».
На севере бухты пришлось бы вновь перевозить строительные материалы, в случае переноса туда крепости. Там не было также достаточно сенокосов, чтобы можно было прокормить необходимое количество порционного и упряжного скота.
Самое укрепление Геленджик инженер считал достаточно сильным, особенно если привести его в надлежащий вид.
В это время в Геленджике, кроме отряда, находились уже частные лица и заведения. Из рапорта коменданта крепости Чайковского генерал-майору Малиновскому от 12 декабря 1833 года видно, что в Геленджике чрезвычайно размножились вольные продавцы чарочной продажи вина. Таких продавцов Чайковский допустил в Геленджик, чтобы понизить цену на вино у маркитантов, но когда их стало слишком много, он начал выселять их из Геленджика. В 1835 году купец Самойлов просил разрешить ему монопольную продажу вина в Геленджике и Анапе; но генерал Вельяминов отменил распоряжение по этому поводу генерала Малиновского и дозволил торговать вином всем местным жителям.
Несмотря на постоянный приток в Геленджик сторонних жителей, он представлял по внешнему виду довольно невзрачное поселение. Солдаты жили в сырых и холодных землянках; у офицеров жилища были немногим лучше. Не было под рукой ни леса, ни других строительных материалов. В декабре 1833 года полковник Свенховский просил прислать в Геленджик досок на крыши для геледжикских строений, так как земляные крыши пропускали воду и сносились ветрами, а солдаты от сырости и холода сильно болели.