Благодаря такому внешне неустроенному виду Геленджика некоторые из начальствующих лиц продолжали считать его временным укреплением. Как видно из рапорта инженера-полковника Баумера от 15 марта 1834 года, начальник 20-й пехотной дивизии г.-л. Малиновский предполагал перевести крепость в Геленджике с южной стороны на северную. С этой целью снова, уже в третий раз, послан был Баумер осмотреть северную часть бухты. Баумер явился к Малиновскому в Екатеринодар и здесь получил от него указания, как и где следовало избрать новый пункт для крепости, причем Малиновский снабдил его описанием всего берега от Геленджикской бухты до Анапы.
К этому времени, казалось, несколько улучшились и отношения горцев к населению Геленджика. Они перестали делать набеги на крепость, помирившись, по-видимому, с неизбежностью ее существования, но продолжали держать себя в стороне от сношений с русскими. Хоть в это время и был уже открыт в Геленджике меновой двор для торговли с горцами, но последние неохотно посещали его. Так обстояло дело с ближайшими к Геленджику горцами; другие же черкесы смотрели на Геленджик, как на враждебный пункт. Геленджикский комендант полковник Воецкий 23 апреля 1835 года донес генералу Малиновскому, что 12 апреля горцы, которых приняли за едущих на меновой двор, бросились, в количестве 30 чел., на скот, пасшийся у Геленджика, окружили стадо, убили одного рядового и ранили другого. Командующий прикрытием штабс-капитан Кирпотенко не только не дал помощи солдатам, охранявшим стадо, но даже не сделал ни одного выстрела, и горцы беспрепятственно угнали скот. Комендант немедленно послал команду под начальством майора Середина, которая догнала черкесов и отняла часть скота, а остальной скот, в количестве 47 штук, черкесы погнали к Фальшивому Геленджику. В продолжение четырехлетнего существования Геленджика это был первый случай грабежа горцами скота. Черкесский скот, попадавший к русским, последние возвращали черкесам. Соседние горцы воевали с русскими только из-за места, которое русские заняли, и были непричастны к угону скота. Как выяснилось впоследствии, геленджикский скот угнали шапсуги, явившиеся с этой целью к Геленджику из отдаленной местности — окрестностей Екатеринодара.
В 1837 году с парохода, застигнутого сильнейшим штормом в море, высадился в Геленджик император Николай I. Предание гласит, что этот с железным характером Государь не мог удержаться от слез при виде выстроенных перед ним фронтом оборванных, изможденных и больных солдат. В этот же день, 21 сентября Геленджик постигло особенно тяжелое несчастье: при сильном норд-осте его охватил пожар. Сгорело все, что было в нем ценного. По официальным данным, одного провианта, фуража и других казенных материалов погибло в огне на 207 171 руб., разного рода казенных вещей на 10 890 руб., имущества у частных лиц на 79 446 р. А весь убыток равнялся 297 517 р., причем из частных лиц купец Медведев потерял имущества на 25 710 р., переводчик Богаз Рафаилов на 17 583 р., купеческий сын Аверкиев на 13 042 р. и т. д. У некоторых солдат сгорели скромные их сбережения, у одного, например, 30 руб. деньгами.
По ведомости о сгоревшем имуществе можно судить, как жили и чем занимались в Геленджике посторонние жители. Потерпевшими оказались купцы, мещане, инородцы и пр. Уничтожены пожаром дома, лавки, мебель, галеты, мед, табак, вина красные, крепкие, белые и сантуринские, сахар, чай, яблоки, мука, рыба, масло и пр. Все это указывает на то, что в Геленджике, несмотря на его военный характер, было достаточно потребителей у частных торговцев и что обороты у этих последних были довольно значительные.
Как показало следствие, пожар в Геленджике произошел от стрельбы из орудий по случаю встречи Государя. В два часа дня загорелся сначала один стог сена, а затем от сильного ветра другие, с них пожар перешел на провиантский магазин и частные строения. При стогах были часовые, но они не заметили поджога. Во время пожара сгорело между прочим у нижних чинов Азовского казачьего войска вещей на 1573 рубля ассигнациями, но эту сумму, по Высочайшему повелению, приказано было возвратить казакам из казны.
После посещения Геленджика Государь, под живым впечатлением от пожара и от тех тяжелых лишений, которые несли здесь войска в плохих помещениях, решил устроить крепость в другом месте Геленджикской бухты и остановил свое внимание на северо-западном (Тонком) мысе, как наиболее удаленном от гор пункте. Третье подробное обследование всей местности по берегам Геленджикской бухты показало, однако, что лучшего места для постройки Геленджикской крепости сравнительно с занятым не было. Сам Вельяминов, неодобрительно вообще относившийся к устройству укрепления в Геленджике, нашел основательными соображения об оставлении крепости на занятом месте. Представление Вельяминова по этому поводу были одобрены Государем, который отказался от своего прежнего мнения и велел раз и навсегда в 1838 году выстроить крепость на южном берегу Геленджикской бухты.