Джелал ад-Дину удалось разбить подразделение монгольской армии в районе Парвана (Парван – название города и прохода через Гиндукуш), что недалеко от Кабула в Афганистане. Это событие вызвало много несбыточных надежд и осенью 1221 года привело к нескольким роковым восстаниям против монгольского правления в Мерве, Герате и других городах. Эта неудача, единственная выпавшая на долю монголов за всю кампанию, вывела на сцену Чингисхана. Он осмотрел место, упрекнул своих командиров за тактические ошибки и выступил против Джелала, который удалился на восток к берегам Инда. Здесь имело место сражение, завершившее кампанию. Джелал и его люди совершали чудеса отваги, но монгольская организация и дисциплина оказались эффективнее. Присутствие Чингисхана стоило небольшой армии. Когда стало ясно, что поражение неизбежно, юный принц направил своего коня в реку и добрался до противоположного берега, и все это под восхищенным взглядом самого Чингисхана. Никто не преследовал его на территории Индии. Монгольские разведчики пробрались до Мултана, но индийская жара оказалась непереносимой для этих сынов прохладных степей. Они повернули назад, чтобы покарать мятежников, которые осмелились подняться против монголов в окрестностях Парвана. Герат сровняли с землей после недели кровавых убийств, и те несколько тысяч человек, которые уцелели в Мерве, тоже были преданы мечу. Над всей землей повис трупный смрад. Герат был крупным центром торговли в Средние века и снова возродился при Тимуре и его преемниках. Он был захвачен после восстания военачальником Элджигидеем, который, являясь монгольским правителем Персии, впоследствии написал письмо Людовику IX Французскому, предлагая ему союз между монголами и христианами против ислама.
Чингисхан не делал попыток укрепить монгольское правление в Хорасане или вторгнуться в персидский Ирак, так же как подготовиться к возможному возвращению из Индии Джелал ад-Дина, который мог пожелать восстановить отцовское царство. Возможно, Чингисхан чувствовал, что ужасающая жестокость монголов поставила жителей региона на колени на многие годы. Кроме того, он мог считать неразумным свое долгое отсутствие в Монголии и Китае, где его помощники все еще продолжали войну с Цзинь. Когда после битвы на Инде военные операции прекратились, он отбыл на пастбища, что к югу от Гиндукуша, где в мае 1222 года принял даосского мудреца Чан-чуня, которого пригласил к себе, чтобы обсудить проблемы философского камня и бессмертия. Мудрец получил приглашение завоевателя у себя дома в Шаньдуне в 1219 году. Ему понадобилось три года, чтобы добраться до лагеря Чингисхана у подножия Гиндукуша. Чан-чунь умер в том же году и месяце, что Чингисхан, – в августе 1227 года.
Смягченный, вероятно, философскими беседами, завоеватель вернулся в Трансоксиану осенью 1222 года и в Бухаре потребовал, чтобы к нему привели ученых докторов, чтобы те объяснили ему, что это за вера – ислам. Он слушал с интересом, одобрил ритуалы и догмы религии Мухаммеда, за исключением одного: ему не понравилось ежегодное паломничество в Мекку. При этом он заметил, что весь мир, а не какое-то одно сооружение является домом Бога. Нельзя не признать, что это любопытное высказывание для неграмотного язычника, чей бог – Тенгри – само голубое небо. В Самарканде, где он провел зиму 1223 года, он приказал имамам молиться в мечетях за него, вместо хорезмского принца, и освободил имамов и кади от всех налогов. Это освобождение было подтверждено его преемниками и впоследствии стало правилом для служителей всех религий. Весной 1223 года он переправился через Яксарт и провел год или два в безделье, охотясь на животных, а не на людей, в степях Западного Туркестана, где принял Джэ-бэ и Субэдэя, которые вернулись, совершив путешествие вокруг Каспийского моря. Весной 1225 года он решил вернуться в Монголию.