Чагатай, второй сын, тоже служил под началом отца в Китае и на западе. Во время последней военной кампании Чингисхана он остался командовать войсками в Монголии, а после смерти отца удалился в свои владения, которые включали страну уйгуров, бывшую территорию каракитаев и Трансоксиану. Он пользовался большим уважением, поскольку теперь был старшим сыном завоевателя и авторитетом по Ясе. С ним консультировались по вопросам племенных законов и традиций, и он председательствовал на курултае, который в 1229 году избрал ханом Угэдэя. Мусульманские хронисты с прискорбием пишут о его непримиримой враждебности к исламу и утверждают, что он жестоко наказывал мусульман, которые убивали своих животных и выполняли омовения, согласно священному закону. Эти ритуалы противоречили положениям Ясы. Он уволил Махмуда Ялавача, мусульманского правителя Трансоксианы, после восстания 1239 года в Бухаре, но был вынужден восстановить его в должности по требованию Угэдэя, заявившего, что чиновники такого ранга ответственны только перед ним, а не перед местным ханом. Заметим, что Махмуд был не только чиновником, но и купцом. Бартольд считает его одним из членов монгольского посольства в Хорезм в 1217–1218 годах. Предположительно он был мусульманским тюрком, поскольку Ялавач по-тюркски «посол». Чагатай умер вскоре после Угэдэя – в 1241 или 1242 году, и ханство, сохранившее его имя, существовало в Центральной Азии до времен Тимура. Столицей ханства был город Алмалык. На протяжении 130 лет им правили тридцать потомков Чагатая. Революции, свержения, убийства и узурпации следовали друг за другом с частотой, необычной даже для азиатских правительств. Принцы династии Чагатая правили в Кашгаре до 1678 года, когда калмыки положили конец династии.
Угэдэй, выбранный великим ханом в 1229 году, стал мировой фигурой, коей и пребывал до своей смерти в 1241 году. Его младший сын Толуй получил родительские земли в долинах Онона и Керулена. Вместе с братом он участвовал в возобновленном наступлении на династию Цзинь в 1231 году. Через год он умер, как утверждают хронисты, часто ссылавшиеся на невоздержанность монгольских принцев, от пьянства. Его имя после смерти стало табу. Он упоминается только как «великий вождь». Толуй и кераитская принцесса Сорхахтани, несторианская христианка и племянница Ван-хана, стали родителями двух великих ханов, Мунке и Хубилая, а также Хулагу, покорителя Багдада. Вытеснение дома Угэдэя домом Толуя стало главной политической революцией в монгольской истории.
После смерти Чингисхана народ на два года остался без верховного правителя. В это время проходили погребальные церемонии, траурные мероприятия и медленный сбор монгольской знати на курултай, который должен был пройти на берегах Керулена, где обычно выбирали монгольских ханов. Военные операции приостановились, и Толуй был регентом до тех пор, пока не прошли выборы. Избрание Угэдэя было, по сути, обычной формальностью. Незадолго до смерти Чингисхан высказал желание, чтобы его преемником стал третий сын. Ни один курултай не мог проигнорировать желание великого Чингисхана. Новый великий хан был лишен кипучей энергии отца. Он предпочитал наслаждаться своим положением главы великой империи, а не расширять ее. Поэтому он создал более или менее постоянный двор в Каракоруме, городе, расположенном возле древнего центра хунну. В 1235 году вокруг города была возведена стена, и на пятьдесят лет он стал «сердцем» мировой монархии. Город Каракорум, несомненно, получил свое название от гор Каракорум. По крайней мере, так утверждают Джевейни и Рашид. Джузджани описывает его как холодное место, где не растут даже деревья. Каракорум был покинут в 1289 году и забыт на шесть веков. Некоторые авторы утверждают, что место было выбрано еще Чингисханом, но Угэдэй первый в нем поселился.
Даже самый бездеятельный и апатичный монгольский суверен не мог оставаться полностью безразличным к целям и амбициям великого Чингисхана, которые оказались нереализованными. Требовалась большая армия. Народы земли должны были покориться живому представителю Тенгри. И пока эти самые народы еще не покорились – или они не знали об этой своей обязанности, монголы не имели права убрать мечи в ножны. Правление Угэдэя (1229–1241) продвинуло границы этого кочевого империализма в трех направлениях: против империи Цзинь в Северном Китае; против остатков хорезмийской власти в Персии; через евразийские степи на Руси в Польшу и Венгрию.