Из конкурирующих на территории империи религий Хубилай делал выбор с осторожностью. Он отдавал предпочтение буддизму и с благодарностью принял частички мощей его основателя, отправленные в Китай королем Цейлона. Среди реликвий было два зуба Будды, а не один зуб, который португальцы уничтожили в 1560 году, и потом он чудесным образом появился в Канди и Пегу, в Бирме. Он послал людей в Турфан за копиями буддистских писаний. Kanjur
, собрание священных буддистских текстов, было составлено и сохранено в Тибете. Хубилай выбрал целую группу переводчиков, чтобы сделать перевод текстов на монгольский язык, но это задание было выполнено только после его смерти. Пагба-лама, тибетский лама, давал ему советы как по вопросам церковной политики, так и более практические. Он составил новый алфавит монгольского языка. Phags-pa — не имя, а титул, означающий «благородный». Алфавит Пагба-ламы из квадратных букв, написанных вертикально, был разработан на основе тибетского. По мнению Пеллио, он позволил передать многие монгольские звуки лучше, чем уйгурский алфавит, однако в монгольском языке уйгурский алфавит продолжал использоваться довольно долго, до тех пор, пока его не сменила кириллица. Благочестивый буддистский историк Сананг Сетчен дал хану почетные буддистские титулы, как дань за его неустанную службу вере. (Сананг Сетчен писал в XVII веке: его труды были переведены на немецкий и английский.) Ламы заставили его отойти от терпимости, которой требовала Яса, организовав уничтожение книг даосистов, а конфуцианцы роптали, недовольные благосклонностью, проявленной к этим клирикам, которых обвиняли в вымогательствах и невоздержанности. Они ездили повсюду, демонстрируя паспорта с золотыми буквами. На чашах весов императорской милости буддистов уравновешивали христиане. Хубилай пошел по стопам Гуюка, Мунке и Хулагу. В столице были открыты церкви, и придворные периодически посещали мессу. Хотя мы имеем все основания сомневаться в утверждении Марко Поло, что Хубилай потребовал от его отца и дяди, чтобы те достали для него священное масло из лампы, которая горит в церкви Воскресения в Иерусалиме, и открыто признавал свою веру в божественность Христа. Он также попросил папу прислать ему сто ученых мужей, способных научить христианской вере. Так говорится в первой книге Поло. Оптимизм этого семейства может сравниться только с оптимизмом несториан дней Гуюка и Мунке. А во второй книге Хубилай якобы намекает, что исповедование им христианства было бы плохо принято его двором и даже поставило бы под угрозу его жизнь. Этот отрывок присутствует только в итальянском тексте Ramusio. Однако назначение христиан на высокие посты подтверждается многими источниками. Так, несторианин по имени Пса, обладавший, как и многие его собратья по вере, некоторыми знаниями медицины и астрономии, был последовательно директором астрономического бюро, ответственным за христианский культ и, наконец, государственным министром. Согласно Сартону, Пса – это, разумеется, арабская форма имени Иисус. Говорят, он в 1284 году вдохновил Хубилая на создание эдикта против мусульманской пропаганды в Китае, а в 1284 году был отправлен в Персию послом к новому иль-хану Аргуну. Его четыре сына, тоже несториане, продолжили служить монголам.Стража из 30 тысяч христиан-аланов, приверженцев греческой церкви, располагалась в Ханбалыке, и, когда некоторые из них были предательски убиты во время осады в 1275 году, доходы города были направлены ханом на помощь семьям. Это аланское христианское сообщество отправило посольство к папе Бенедикту XII в Авиньон в 1336 году.
Удивительная биография Мар Ябаллаха, составленная автором по имени Раббан бар Саума, говорит о присутствии значительных несторианских общин по обе стороны Китайской стены. Этот сирийский манускрипт, сохраненный несторианами Ирака, был опубликован в 1888 году. Это путевой дневник Раббана бар Саума (сын поста), несторианского священника, рожденного в Пекине, который отправился в паломничество в Иерусалим вместе с монахом по имени Марк, который был назначен католикосом или патриархом в 1282 году под именем Ябаллаха (Бог дал). Ильхан Аргун послал Сауму с миссией к папе и западным королям, которую он выполнил в 1287–1288 годах. Он умер в Багдаде в 1293 году.
Особенно много несториан было среди онгутов, тюркского народа, жившего в провинции Суйюань. Им управляла семья наследственных принцев, имена которых в китайской транскрипции – слегка искаженные имена христианских святых. Онгуты – это унт Марко Поло. Китайцы называли их По Та-та, или белые татары. Их земля – Тендук Марко Поло и Тангут (Тангус) бар Саума. Поло и брат Одорик согласны в том, что это царство пресвитера Иоанна. Христианские реликвии были найдены в древней стране тангутов, включая медали с изображением святого Георгия, считавшегося их покровителем.