Долина Нила была единственной важной ближневосточной территорией, которая не была затронута вторым, ничуть не меньшим, чем первым, монгольским наводнением. Однако во втором случае она была обязана своим иммунитетом не военной доблести мамлюкских хозяев, а их покорности господству Тимура. Господству мамлюков бахри был нанесен удар в 1382 году, и оно пришло к концу после довольно долгого периода беспорядков в 1390 году. На смену мамлюкам бахри пришли другие мамлюки – бурджи или черкесские султаны. Полки, которые их поддерживали, располагались в бараках около башни (бурдж) и, кроме того, изначально были рекрутированы главным образом на Кавказе, хотя давно уже стали тюрками по языку и поведению. Такая перемена, соответственно, не внесла существенного изменения в положение египетского народа, однако она имела некоторые политические последствия. Правление бурджитов было намного более грабительским и жестким, чем правление бахритов, и вопрос о наследственной передаче власти в султанате возникал довольно редко – если возникал вообще. Основатель режима бурджитов Баркук («слива» или «абрикос») был довольно сильным правителем. После победы в тяжелой и сначала казавшейся безнадежной борьбе против своих соперников (1389–1392) он установил власть над Сирией и отважно предоставил убежище при своем дворе злейшему врагу Тимура. Этим беженцем был джалаиридский принц Ахмед, бывший правитель Багдада – его предки, начиная с Большого Хасана, правили в этом городе в последние годы ильханов. Тимур не мог, разумеется, не заметить такой враждебный жест, однако его ссора с османами сковывала его силы до самой смерти Баркука в 1399 году. Он никогда не объявлял войну Египту, хотя разграбил Алеппо и Дамаск в качестве предисловия к своему победоносному походу против Баязида I. Сын и наследник Баркука Фарадж (1399–1412) выбрал путь покорности великому завоевателю и до смерти Тимура в 1405 году оставался номинально его вассалом. Потом в Египте наступил беспокойный период, из которого заслуживающим упоминания событием является попытка в 1412 году поставить в качестве правителя одного из марионеточных аббасидских халифов. Стабильность не была установлена до тех пор, пока трон не был передан Барсбаю (1422–1438), наиболее способному военачальнику из бурджитов, из которых один или двое проявили себя в качестве военных руководителей. Его победы на Кипре в 1426 году и против туркменов Белой Овцы и других князьков в Сирии и Месопотамии сделали многое для восстановления международного престижа Египта. С другой стороны, его финансовая и фискальная политика, как дома, так и в аравийской Джидде, оказалась катастрофической. Он выжимал из египетских крестьян даже больше, чем это позволяли вековые обычаи страны. Среди султанов после него мало кто обладал такими же военными качествами, однако все следовали его примеру в области финансов. Они даже пошли дальше, и кроме удовлетворения аппетитов военной аристократии тратили огромные суммы на строительство роскошных гробниц мамлюков, которые все еще можно видеть у Каира. В качестве достойного внимания исключения следует упомянуть благочестивого и умеренного султана Чакмака, который щедро тратился лишь на поддержку ученых людей, и его преемника Инала, который воевал в малозначительной войне на Кипре. Другой необдуманной мерой Барсбая было обременение европейской и индийской торговли, из которой Египет извлекал немалую прибыль, транзитными пошлинами и валютными ограничениями такой строгости, что начались протесты итальянских морских республик. Хотя было сделано несколько уступок, чтобы их смягчить, основным следствием стала заинтересованность итальянцев, а теперь еще и очень предприимчивых португальцев и испанцев в использовании возможных альтернатив пути через Египет и египетских посредников. Возможность стала реальной, когда Васко да Гама в 1498 году обогнул мыс Доброй Надежды и открыл морской путь в Индию.
Прошло совсем немного времени, и португальцы начали атаковать египтян с тыла. Они начали атаковать мусульманское судоходство и береговые позиции в Индийском океане и Красном море с такой энергией, что египетские торговые артерии в Индию и Персидский залив оказались, по существу, перерезаны. Они также установили свой форпост в Абиссинии, и, хотя он оказался недолговечным, египтяне столкнулись с перспективой появления сильного противника на юге. К счастью для Египта, жители Нубии, которые в прошлом были коптскими христианами, в XIII и XIV веках приняли ислам, и в этой стране больше не было условий для вторжений португальцев. Более того, распространение ислама привело к падению двух главных христианских царств в старой Нубии, и любой политический потенциал, который могла иметь страна, был погублен в зародыше ее разделением в последующие века на множество мелких государств.