Батый не мог, даже если бы имел на то желание, расширить свои владения. Споры о престолонаследовании занимали всех монголов в продолжение десяти лет и вынудили его уделить всю свою энергию центральноазиатским делам. Поскольку никаких договоренностей по наследованию не было предусмотрено, монгольские вельможи в Каракоруме назначили временно вдову Угэдэя Дорегене регентшей, что является показателем уникального статуса женщины в монгольском обществе. Дорегене всеми силами стремилась обеспечить сохранение статуса отца своему сыну Гуюку. Этому сопротивлялся Батый, который надеялся утвердить свои претензии на трон – все же он являлся отпрыском старшего сына Чингисхана. Кроме того, он, вероятно, по религиозным и культурным причинам не хотел принять лидерство Гуюка. Подобно Чингисхану и Угэдэю, Батый относился к различным мировым религиям в монгольском государстве с полным безразличием. Он оставался верным шаманистской вере своих предков, которые признавали одного-единственного бога, но в то же самое время рассматривали солнце, землю и воду в качестве высших созданий, молились им и приносили жертвы. Религиозные диспуты, как утверждают имевшие место в присутствии этих правителей, нисколько не изменили этого положения. Однако Гуюк принадлежал к юному поколению и представлял другие тенденции, которые в то время имели хождение среди монголов. Христианское несторианство было известно монголам уже несколько столетий, и по мере великой внешней экспансии их победоносных армий оно приобрело новую внутреннюю силу и миссионерское рвение. Оно произвело большое впечатление на сознание Гуюка. Если он сам, возможно, и не принял несторианство, тем не менее оказывал явное предпочтение христианам и назначал их на самые хорошие должности в своем окружении. Выбор Гуюка, безусловно, был победой христианства и поражением старых идей и обычаев. Батый не сумел воспрепятствовать его победе в 1246 году. Выборы были описаны детально Джованни ди Плано Карпини, который лично присутствовал на них. В центре долины, где проходили выборы, была сооружена огромная палатка для голосования, где собрались имеющие право голоса вельможи. Вокруг нее всюду, насколько хватало глаз, располагались орды монголов, которые требовали развлекать их различными представлениями и с большим вниманием следили за ходом голосования и кавалькадой многочисленных иностранных миссий, которые в глазах монголов являлись доказательством того, что монгольские притязания на мировое господство справедливы. Так интерпретировал сам Гуюк прибытие Плано Карпини. Он верил, что сам папа и король Франции Людовик IX стремились оказаться под его властью. Такое убеждение ясно выразилось в ответе, который он вручил папскому эмиссару.
Выбор Гуюка стал предвестником ранней вспышки его враждебности с Батыем. Обе стороны стали готовиться к вооруженному противостоянию и уже начали выдвигать силы, когда Гуюк в апреле 1248 года внезапно скончался. Его смерть положила конец всем проблемам – так же как и радужным перспективам несторианства, которое было на подъеме во время его правления. Грядущее великое преобразование жизни монголов было отложено на время, и когда оно в конечном счете состоялось под влиянием высокоцивилизованного окружения, в которое завоеватели вторглись, то оказалось совершенно отличным от того, что ожидалось, когда Гуюк был возведен на трон.
Вновь регентшей стала вдова умершего великого хана, Огул Гаймыш, и Батый решил оставаться в Центральной Азии, ближе к месту предстоящих выборов. На этот раз выборщики пожелали обойти наследников Угэдэя и признать права старшей линии – потомства Джучи. Поскольку Батый считался главой этой линии (хотя его старший брат Орда был еще жив), он имел отличные перспективы стать великим ханом. Однако, учитывая свой возраст, отказался от избрания и рекомендовал выборщикам потомка младшего сына Чингисхана Толуя, который доселе оставался на заднем плане. В конце концов было решено избрать Мункэ, смелого и энергичного принца, который был близок к Батыю, поскольку участвовал в кампаниях в России. Заговор, устроенный другим принцем, который желал повлиять на мнение выборщиков в свою пользу, был раскрыт и подавлен. И Батый смог вернуться на Волгу с чувством глубокого удовлетворения исходом выборов.