Ситуация в Персии после первого вторжения монголов Чингисхана была несколько беспорядочной. Единственной провинцией, в которой завоеватели поддерживали свою власть на более или менее твердой основе, был Хорасан на северо-востоке. В других местах мелкие местные династии сохранили свою власть и независимость от монголов. Представители монгольской власти постоянно ссорились между собой. В нескольких случаях между ними возникали серьезные конфликты, которые потребовали отзыва отдельных губернаторов, что не способствовало повышению престижа монголов. На Кавказе также рука монгольской администрации Сарая чувствовалась слабо. Этот горный регион располагался слишком далеко, и там не могло поддерживаться регулярное сообщение.
В таких обстоятельствах, когда Хулагу в 1255 году отправился из Монголии на завоевания своих будущих владений, перед ним стояла нелегкая задача. Однако монголы не встретили какого-либо организованного сопротивления до тех пор, пока они не достигли гор к югу от Каспийского моря, которые защищали резиденцию некогда грозной и все еще ужасной секты ассасинов. Крепость Аламут, штаб-квартира организации ассасинов, организовала отчаянное сопротивление наступлению центральноазиатских орд и сдалась только после долгой осады. Вождь секты, известный как Старый человек с гор (Shaykh al-Jabal), был казнен без промедления. Известный ученый Насир ад-Дин Туси (умер в 1274 году), который был шиитом-двунадесятником и который много лет был пленником ассасинов, получил свободу и стал служить монголам. Он возобновил свою научную деятельность и соорудил обсерваторию в городе Марагех на северо-западе Персии. Разрушение цитадели Аламут приветствовалось мусульманами, которые считали ассасинов не менее скверными, чем крестоносцы.
Потребовалось совсем немного, прежде чем мусульмане смогли разглядеть, что Хулагу не собирается с ними дружить. После капитуляции Аламута и покорения мелких принцев северо-запада Персии, а также ряда независимых вождей луров в горах Загрос он прямиком пошел на Багдад, халиф которого навлек на себя недовольство завоевателей некоторыми необдуманными политическими высказываниями. В столице халифа царил полный беспорядок. Ресурсы его государства и, в частности, войска, имеющиеся в его распоряжении, были неадекватными для какого-либо эффективного сопротивления. Тем не менее было принято смелое решение противостоять осаде. Поскольку в сложившейся военной ситуации не было никакого сомнения в ее исходе, некоторые группы мусульман с самого начала советовали приступить к переговорам с монголами. Среди них был тюркский гарнизон, который вступил в контакт с тюркскими войсками в армии Хулагу и решил не воевать против братьев-тюрков. Визирь халифа также хорошо осознавал тщетность сражения. Неразумный аббасидский принц, однако, не обращал никакого внимания на предложения компромисса и был готов пойти на риск быть атакованным. Таким образом, катастрофа оказалась неотвратимой. 10 февраля 1258 года монголы пошли на штурм, захватили резиденцию халифа и пленили его, вынудили раскрыть свои тайные хранилища и затем казнили, предположительно удушив в коврах. По древнему монгольскому обычаю, запрещалось проливать королевскую кровь.
Захват Багдада и попутное свержение халифата, который, несмотря на материальное бессилие, все еще обладал некоторым духовным авторитетом, произвели большие изменения в социальной структуре Месопотамии. Христиане, несторианцы и яковиты, которые все еще были довольно многочисленны, в особенности на севере страны, но также и в Багдаде, и, более того, шииты, которые в основном жили на юге, пришли в сильное волнение. Сам Хулагу, который проявлял благосклонность к христианам и, следовательно, был настроен против мусульман, находясь под влиянием своей супруги Докуз-хатун, предоставил полную свободу всем силам, противостоящим до тех пор господствовавшим суннитам. Во время разграбления Багдада ни христиан, ни шиитов (выразителем интересов которых стал Насир ад-Дин Туси) в основном не тронули. Теперь они смогли перестроить свои церкви и мечети и проводить публичные шествия. Интересы шиитов перед властями представлял избранный ими Накиб.