Такая позиция Хулагу имела большие последствия для всей Западной Азии. Христиане Сирии, Палестины и Малой Азии с нетерпением ждали его прихода, испытывая обоснованные надежды на существенные изменения своей участи. Они внесли непосредственную лепту в скорое падение нескольких крепостей в Северной Месопотамии, где лишь одна крепость, Майяфарикин, оказывала упорное сопротивление в течение двух лет. К 1259 году наступление на средиземноморский регион уже шло во всю силу. Вступление монголов в Дамаск было встречено всеобщей радостью христиан этого города, которые теперь ощущали свое превосходство над мусульманами. Город Алеппо был взят штурмом, и казалось, что перед Хулагу открылась дорога на Египет. Затем, в период его отсутствия, войска выступили против мамлюков. Решающая битва состоялась 3 сентября 1260 года на Айн-Джалуте (колодец Голиафа) в Палестине. Она обернулась неудачей для захватчиков из Центральной Азии. В жестокой битве мамлюки под командованием Ко-туза (Кутуза) – они также были выходцами из степей и весьма искусными кавалеристами – нанесли поражение монгольской армии и захватили ее командира.
Это поражение стало поворотным пунктом монгольских завоеваний и обеспечило сохранение независимости Египта. Под властью нового правителя Бейбарса, который убил Ко-туза сразу после битвы и теперь вступил в Каир во главе победоносных войск, мамлюкское государство вскоре выросло в мощный противовес к монголам и оплот ислама. Чтобы укрепить свое положение, Бейбарс принял в своем дворе действительного или предполагаемого отпрыска династии Аббасидов. Этот принц после неудачной попытки отвоевать Багдад был вынужден искать убежище в Каире и там играть роль религиозного властелина, что также соответствовало интересам Бейбарса. Хотя претензии Аббасидов Каира на халифат были признаны лишь несколькими принцами Северной Индии и – на некоторое время – некоторыми ханами Золотой Орды, они оказывали поддержку мамлюкской власти до ее падения в 1517 году. До того времени Египет продолжал контролировать судьбы Сирии и Палестины, и, пока государство долины Нила было достаточно сильным, чтобы проводить эффективную внешнюю политику, оно всегда считало сирийско-палестинский регион своим внешним оплотом.
Существовала веская причина, по которой Хулагу не был со своей армией во время ее поражения. Он был занят обстоятельствами, связанными со смертью великого хана. Смерть Мункэ стала поводом для серьезных разногласий. Нет сомнения в том, что он намеревался назначить своего брата Ариг-Буга в качестве своего преемника. Однако его другой брат Хубилай, который воевал в Китае, как назначенный император этой страны, возражал против такой кандидатуры и был готов отстаивать свои претензии с мечом. После провозглашения себя императором Китая он оставил здесь во главе армии своего доверенного военачальника, а сам направился в Монголию. Здесь Ариг-Буга, в свою очередь, занял прочное положение в Каракоруме. Последовала гражданская война, в ходе которой Внутренняя Монголия подверглась экономической блокаде и была полностью отрезана от внешнего мира. Хулагу, в знак старой дружбы со своим братом Хубилаем, одобрил такие меры. Довольно скоро борьба завершилась в пользу Хубилая. Ариг-Буга был вынужден покориться и исчез с политической арены. Он умер в 1266 году.
В результате такого поворота событий Монголия стала удаленной территорией Китая: источником силы правящей монгольской династии Юань этой страны, однако она уже никогда не была значительным фактором в мировой истории. (Аравия, колыбель ислама, также канула в неизвестность после установления омейядского халифата.) Посольства из других частей Азии, включая и Монголию, теперь направлялись в Пекин. Манеры великого хана и его двора стали китайскими. Дамы в королевском доме во всем, за исключением имен, стали китаянками. Об интересах Монголии Хубилай судил с точки зрения империи в целом, и вследствие этого они часто подчинялись китайским интересам. По приказу Хубилая тибетским монахом был разработан новый монгольский алфавит вместо уйгурской письменности, которую монголы узнали на уйгурской территории в начале XIII века и которая, в свою очередь, произошла от древней семитской письменности. Однако, несмотря на относительную простоту, новая система письма, которая в силу ее вида известна как монгольское квадратное письмо, не стала общепринятой. С одной стороны, старая практика была слишком сильной, с другой – новая казалась проще, когда требовалось транскрибировать монгольский язык в китайские иероглифы. В результате китайские курьеры могли читать монгольские документы, хотя и без полного понимания их смысла. Настоящая монгольская письменность осталась уйгурской и существует до сих пор.