Все это совершалось настолько открыто, что папа Пий II в свое время вынужден был сделать кардиналу и вицеканцлеру Борджиа строгое внушение. Но это мало повлияло на него, и в 1492 г. он добрался до папского престола. Его избрание было отмечено многочисленными богослужениями и вознесениями благодарности всевышнему за столь счастливое событие. Нового папу помимо церкви воспевала и светская литература, говорившая, что «Цезарь некогда сделал Рим великим, величайшим же ныне его делает Александр VI, ибо первый был — человек, а второй — бог».
Первым мероприятием этого «бога» было дарование своему сыну Чезаре Борджиа епископства Валенсии (в Испании) с ежегодным доходом в 16 тыс. дукатов. Это было после Памплоны второе епископство, полученное Чезаре Борджиа. В тот же день Александр VI назначил своего племянника Джованни кардиналом св. Сусанны. Это назначение привлекло в Рим множество близких и дальних родственников нового папы, у которого они нарасхват стали получать выгодные места. «Даже десять пап, — писал в ноябре 1492 г. посланник Ж. Бокаччо, — не могли бы удовлетворить аппетитов этой голодной своры». Однако чего не могли бы сделать 10 пап, сделал один Александр VI, распределив множество доходных должностей католического мира среди племянников, племянниц и иных родственников и не родственников.
Особенно много разговоров вызвало празднование свадьбы дочери Александра VI, красавицы Лукреции Борджиа, с графом Джованни Сфорцой. Лукреция еще до избрания Александра папой была помолвлена с испанским графом Гаспаре де Просида. Но жених оказался недостаточно богатым для дочери римского папы (он был «достаточно» богат лишь для дочери кардинала), и Александр VI настоял на разрыве с Гаспаре и на выходе Лукреции за могущественного Джованни Сфорца. Подобно своему предшественнику Иннокентию VIII, Александр VI официально признавал свое потомство и торжественно отпраздновал свадьбу Лукреции. За трапезой рядом с «молодыми» сидели папа Александр VI, 11 кардиналов, любовница папы Юлия Фарнезе, дочь Иннокентия VIII Теодорина и так далее. Рядом с каждым кардиналом сидела его любовница. «И многое другое рассказывают, о чем я здесь не пишу, — пишет близкий к курии Стефано Инфессура, — потому что это, может быть, неправда, а если и правда, то трудно этому поверить».
Александр VI совершил и «подвиги» чисто государственного деятеля. Так, воспользовавшись тем, что брат турецкого султана Баязида, принц Джем, находился в плену у французского короля, Александр VI отправил в Константинополь генуэзца Джорджо Боччардо с поручением передать султану, что ему необходимо бороться против французского короля Карла VIII, который собирается завоевать Неаполь и провозгласить принца Джема турецким султаном, чтобы вместе с ним отправиться в Турцию и воевать с Баязидом. Сам же Александр вступил в переговоры с Карлом VIII и «откупил» у него пленника принца, на содержание которого получал от Баязида в год 40 тыс. дукатов. После этого посланник Джорджо Боччардо добился, что Баязид выразил готовность за «устранение» принца Джема дать папе 300 тыс. дукатов. По-видимому, Баязид хорошо оценил характер Александра VI: как только решена была «принципиальная» сторона сделки, к ней была прибавлена оговорка. Требовалось не простое устранение принца Джема, в особенности не одно лишь словесное заверение о действительном устранении Джема, а нужен был труп принца. Лишь после предъявления такого «вещественного доказательства» обусловливалась выдача 300 тыс. дукатов.
Эти переговоры с Баязидом не помешали, однако, Александру VI «готовиться» к крестовому походу против Турции. Папа обязался давать ежегодно 40 тыс. дукатов на дело истребления турок и уже назначил начальником флота в 13 галер с 2,5 тыс. моряков епископа Джакопо да Пезаро. Но острые противоречия между европейскими правительствами, призывавшимися к совместному крестовому походу, и глубокое недоверие их к Александру VI подорвали предприятие и принудили епископа-адмирала снять крестоносное знамя с изображением Александра с единственного завоеванного острова — маленькой Санта-Маура из группы Ионических островов. Впрочем, приготовления к походу ограничились введением налога на евреев в размере двадцатой части их доходов и попыткой обложить налогом всех кардиналов в размере десятой части их доходов.