Общая сумма «крестовых» поступлений с кардиналов была определена в 45 376 дукатов, а следовательно, доход всех кардиналов к 1500 г. равнялся, по данным курии, разумеется уменьшавшей общую сумму, 453 760 дукатам, причем должны были дать: Караффа — 1000 дукатов, Ровере — 2000, Бассо — 1100, Сансеверино — 1300 дукатов и так далее Александр VI продолжал политику своих непосредственных предшественников и стремился превратить Папскую область в централизованное большое государство, во главе которого должен был стать его сын Чезаре Борджиа. Все, чем владела семья Риарио по милости Сикста IV, то есть Имола, форли, Сора, Синигалья и ряд мелких земель, должно было перейти к Чезаре. Чувствуя недостаточность своих сил, Чезаре вступил в союз с сильным домом Орсини. С его помощью он захватил Пезаро, Римини и Фаэнцу. Создав себе этим путем материальную базу, Чезаре Борджиа стал действовать самостоятельно, вероломным путем вовлек своего союзника в ловушку и казнил ряд деятелей дома Орсини и Колонна. Не были пощажены ни зять папы, обширные неаполитанские владения которого сулили богатые перспективы будущему тирану большого государства, ни родной сын Александра VI Хуан, которого «папа-отец» прочил раньше в основатели династии Борджиа и которому вместе с герцогским титулом подарил герцогство Беневент и города Террачину и Понтекорво вместе с Черрано.
Ради установления единовластия Чезаре с разными союзниками заключались, а затем и порывались отношения с такой легкостью, что правление Александра VI представляло собою беспрерывную смену всяких лиг и коалиций: папа шел то с Неаполем против Франции, то с Францией против Неаполя, то с Испанией, то с империей, то с Португалией, то с отдельными итальянскими республиками. Всех Александр и его сын Чезаре одинаково обманывали и предавали. Казалось, что в Центральной Италии может возникнуть крупное государство с Чезаре Борджиа в качестве правителя.
Однако народные массы, измученные бесконечными войнами, протестовали против кровавых попыток превратить римскую церковь в светское государство, олицетворяемое Александром VI и его семьей.
Политика папства, руководимого Чезаре Борджиа, была тем опаснее, что сильные соседние государства в этот момент стремились к захвату богатейших частей Италии и угрожали самому существованию ее. Так, в 1494 г. французский король Карл VIII на короткое время завоевал Северную и Центральную Италию и без труда овладел Неаполем.
Народные массы Италии тяжело переживали эти трагические годы, когда в один клубок сплелись внутренние междоусобицы и войны с внешним врагом, когда даже нельзя было точно установить, кто внутренний враг и кто внешний. Неудивительно поэтому, что в ряде городов началось народное движение. Особенно больших размеров оно достигло во Флоренции. Ее тиран Пьеро II Медичи вынужден был бежать, и в городе была восстановлена республика. После бегства флорентийского правителя в городе большую роль стал играть суровый обличитель богатств и пламенный проповедник доминиканский монах Джироламо Савонарола, которого «грехи Италии делали пророком». В своих проповедях он клеймил духовенство, заявляя, что ныне-де священники ушли от бога дальше, чем язычники, что римляне хуже турок, что с Римом следует бороться так, как мученики борются против тиранов, и что те, кто называют его, Джироламо Савонаролу, непокорным и непутевым сыном церкви, клевещут на него. Савонарола понимал, что он беспомощен в своей борьбе против римской курии, и требовал созыва собора для оздоровления «Вавилона», как он называл Рим. По его мнению, инициативу созыва собора должен был взять на себя французский король, самый сильный в то время монарх Европы, и Савонарола, в проповедях которого сплетались политический и религиозный моменты, стал сторонником Франции. Когда французский король вступил во Флоренцию, Савонарола стал фактическим правителем города и установил в нем демократические, с сильным фанатическо-религиозным оттенком, учреждения. Это напугало денежную аристократию и приверженцев изгнанных Медичи. Они организовали партию «бешеных», издевавшихся над проповедями «пророка», бичевавшего роскошь, требовавшего строгого соблюдения постов, посещения церкви, чтения Библии «вместо Горация, Цицерона и Виргилия» и распевания псалмов вместо звучных сонетов и стансов. В широких массах народа Савонарола пользовался большой популярностью, и его приверженцы получили прозвище «плакс» ввиду того, что в своих заунывных песнопениях они как бы «оплакивали» исчезнувшие добродетельные времена.