Этот папа, так умело пользовавшийся человеческими слабостями, весь во власти светских интересов, ловко использовал политические и экономические противоречия между государствами, боровшимися между собой из-за обладания Италией. Подобно другим «наместникам бога», этот «воин-меценат» настаивал на необходимости энергичной деятельности инквизиторов в Туре, Неаполе и Беневенте и напоминал инквизиторам Шпренгеру и Инститорису, авторам позорнейшего сочинения «Молот ведьм», что всякий, оказывавший им помощь в деле раскрытия и разоблачения колдунов и ведьм, получит от папы индульгенцию и будет пользоваться вольностями и привилегиями «истинного борца за великое богоугодное дело».
Результат такого поощрения папой диких доносов сказался в тревожном заявлении Сильвестра Маццолини, что «ведьмы» стали столь быстро «распространяться» по всей Италии, что, казалось, их число превзойдет вскоре число верных католиков.
Грубейший религиозный фанатизм, усиленно поддерживаемый папой, проявился в спорах о непорочном зачатии св. девы. Когда какой-то каноник в Мантуе заявил, что Христос был зачат не в утробе, а в сердце Марии и зарожден из трех чистых капель ее крови, Юлий увидел в этом «опасную ересь», предписал самым суровым образом преследовать отступников от чистой веры ив 1511 г. утвердил монашеский орден непорочного зачатия, задачей которого было положить с помощью инквизиции конец колебаниям в вопросе о непорочном зачатии. Юлий II организовал преследования чешских еретиков, молил о ниспослании на них гнева божьего, прокламировал крестовые походы против них и против турок и не оставлял в покое испанских маранов, то есть евреев, принявших в Испании католическую веру во избежание преследований со стороны инквизиции. В специальной булле на имя генерального инквизитора Десы Юлий II приказывал «ни в коем случае» не щадить евреев, называющих себя христианами, не жалеть никаких средств, чтобы с корнем вырвать еретическую заразу, не допускать распространения «чумы» по стране и разыскивать всех участников оскорблений инквизиции.
С целью изыскания новых денежных источников для покрытия огромных расходов, которых требовала его политика создания сильного государства, Юлий II организовал коллегию писцов-архивистов из 101 человека, которые уплатили за свое назначение 70 тыс. дукатов; вскоре к этой коллегии он прибавил другую из 141 человека, которые занимались наблюдением над отдельными статьями денежных поступлений; назначение этих должностных лиц дало папе еще 91 тыс. дукатов. По вычислениям венецианского посланника в Риме, ординарные поступления в папскую казну в 1510 г. были равны 200 тыс. дукатов, а чрезвычайные — 150 тыс., то есть в общем папа в 1510 г. получил 350 тыс. дукатов — доход, по словам католического историка, не выходивший за пределы обычной суммы папских поступлений. После Юлия II осталась огромная сумма денег и масса драгоценностей (их сравнивают обычно с тем, что осталось после папы Иоанна XXII). Юлий усердно занимался продажей индульгенций и проведением разного рода юбилеев, дававших огромный доход как местному духовенству, так и папской курии.
Юлий II не был творцом идеи массовой продажи должностей. Эту идею еще до него стал осуществлять папа Сикст IV. Под давлением необходимости платить проценты банкирскому дому Медичи Сикст IV одним росчерком пера создал коллегию из 72 аббревиаторов (специалистов по оформлению папских бумаг), причем за место аббревиатора уплачивалось 533,5 дуката. Это дало Сиксту IV сразу 38400 дукатов, впрочем, 8 тыс. он уступил своему вице-канцлеру Родриго Борджиа (впоследствии папа Александр VI), которому дано было право на 21 место для аббревиаторов.
В видах более легкой продажи куриальных должностей была введена плата за службу. При этом был расчет и на то что многие из покупателей в более или менее близком времени умрут, а так как служба не передавалась по наследству, то внесенная вначале сумма оставалась у папы и не расходовалась в виде уплаты жалованья.