В Курляндии общие потери оценивались в 50 процентов от численности населения. В частности, умерло 54 проповедника, то есть почти половина всех курляндских пасторов. Число погибших в Митаве оценивалось в 1316 человек, в Либау немецкая община недосчиталась 900 членов, а в Виндау скончались вообще все жители города, за исключением семерых. В Гробине же в живых осталось только семь семей, а в Бауске умерли все сапожники, за исключением одного. При этом, по данным различных наблюдений, наиболее тяжело эпидемию чумы пережили представители ненемецких основных слоев городского населения и полукровки. В результате и без того не густо заселенная старая Лифляндия почти обезлюдела.
Значительным являлся также ущерб, причиненный непосредственно войной. В результате осады сильно пострадала Рига, а Дорпат и другие небольшие лифляндские города лежали в руинах. Даже в 1725 году в Лифляндии не обрабатывалась почти половина посевных площадей, а каменные строения на селе здесь еще десятилетиями оставались редкостью. Обнищали все сословия – среди толп нищих, заполонивших край, были и дети из числа знатных родов. И если большие города благодаря морской торговле смогли восстановиться относительно быстро, то на селе уровень жизни еще долго оставался чрезвычайно низким. Не случайно в 1722 году лифляндцы были на десять лет освобождены от взимания каких-либо поборов.
Еще в 1704 году царь Петр назначил своего ближайшего сподвижника князя Меншикова генерал-губернатором всех царских земель в Прибалтике, а после капитуляции сословий полномочным царским представителем в Лифляндии стал лифляндец тайный советник барон Герхард Иоганн Левенвольде. Позднее Лифляндией и Эстляндией как русскими провинциями управляли губернаторы. С 1762 года в Эстляндии, а в Лифляндии еще раньше во главе управленческого государственного аппарата стоял уже чиновник в ранге генерал-губернатора, но в 1775 году обе эти провинции были объединены.
Губернаторы и генерал-губернаторы располагали русской канцелярией для переписки с Сенатом и военными инстанциями, а также немецкой канцелярией для ведения деловой переписки с местными чиновниками и находившейся в резиденции генерал-губернатора коллегией по лифляндским и эстляндским делам. Численный состав государственных служащих управлений провинциями был невелик, поскольку основная нагрузка ложилась на местные сословные органы самоуправления, стоявшие особняком. При этом компетенции государственного и сословного управления в XVIII веке четко не разграничивались.
Генерал-губернатор в общих чертах обладал правом надзора и ратификации, а также управления государственными налогами. Кроме того, он мог вмешиваться во многие управленческие дела путем издания соответствующих указов и предписаний. К вопросам государственного (не сословного) законодательства относились, в частности, косвенные налоги, торговое право, уголовное право и цензура. Однако прямые налоги вводились зачастую также без согласования с сословиями.
Закрепленные в актах о капитуляции права на автономию провинций многократно бесцеремонно нарушались, как, например, в Риге, где в 1712–1721 годах городской совет был подчинен русскому президенту и главному инспектору финансов. Конечно, сословные и дворянские власти пытались защитить свои привилегии, посылая делегатов в соответствующие инстанции, поддерживая своих представителей в столице и задабривая деньгами влиятельных покровителей. В спорных вопросах хорошим аргументом в пользу прибалтийского дворянства могла послужить, в частности, пара вороных упряжных лошадей.
После смерти Петра Великого пребывавший в то время в Санкт-Петербурге дворянский посланец рижский ландрат Иоанн Балтазар фон Кампенгаузен сообщил в марте 1725 года своим лифляндским собратьям о том, что защита их интересов, особенно при составлении письменных обращений во властные структуры, требует «неимоверного усердия и бдительности» и что двух эмиссаров явно недостаточно. Он так и написал, что один посланец, начиная с четырех часов утра, должен постоянно находиться в приемной Сената, чтобы отслеживать продвижение вопроса, и два человека такое напряжение просто не вынесут, так как пропускать званые приемы нельзя. В этой связи стоит заметить, что содействие в решении проблем прибалтийских сословий с самого начала оказывали происходившие из прибалтийских провинций знатные люди, которых со временем в Санкт-Петербурге становилось все больше.
Благодаря самоизоляции дворяне в Эстляндии и Лифляндии сохраняли свою самобытность вплоть до середины XVIII столетия, благодаря чему право присвоения дворянства признавалось прерогативой дворянской коллегии. Причем правительство такому положению вещей не мешало.