В начале XVII в. в России имел место системный кризис, который едва не погубил страну и получил название Смуты. В 1598 г. умирает последний прямой потомок Ивана Калиты, сын Ивана Грозного Федор. На Земском Соборе был избран царём шурин последнего – Борис Годунов. Многие бояре не были согласны с этой кандидатурой. Предлагались и другие. Так, из потомков Чингис-хана наибольшие шансы занять русский престол имел СаинБулат (Симеон) Бекбулатович, праправнук последнего хана Золотой Орды Ахмата. В 1601–1604 гг. имел место страшный голод, более серьёзный, чем голод времён Ивана IV. Одновременно в Польше появляется самозванец, объявивший себя спасшимся сыном Грозного Дмитрием. Лжедмитрий I, пользуясь поддержкой поляков и представителей различных сословий на самой Руси, сверг и убил сына Годунова Фёдора и на 11 месяцев воцарился в Москве.
Однако, он увеличил поборы и явно симпатизировал католикам. Это обеспечило успех заговора бояр, заменившего его в мае 1606 г. на Василия Шуйского, потомка младшего брата Александра Невского Андрея Ярославича. Однако, новый царь был крайне непопулярен. Является Лжедмитрий II, который укрепился недалеко от Москвы – в Тушине. Набольшим воеводой последнего стал бывший боевой холоп И. И. Болотников. В советской науке дальнейшие события 1606–1607 гг. обычно характеризовались как первая в истории Руси крестьянская войной, но перед нами – скорее гражданская война, ибо в войске И. И. Болотникова ударное ядро происходило из дворян и из казаков, хотя основную массу воинов действительно составляли крестьяне. Такой состав позволил восставшим достичь серьёзных успехов и даже осадить Москву. Мобилизованные крестьяне северо-запада страны и помощь шведов, которым царь отдал городок Корелу с уездом, позволили разбить Болотникова. Шуйского поддерживал и суровый и волевой Патриарх Гермоген, бывший казак, сам жёстко критиковавший царя, но ещё больше боявшийся полного безвластия и гибели страны в условиях смуты. В 1610 г. «семибоярщина», которая возглавлялась Ф. И. Мстиславским, насильно постригла Шуйского в монахи и впустила поляков в Москву. Патриарх не принял королевича-иноверца, был заточён в подземелье, где и умер от голода, а позднее был причислен к лику святых.