Одновременно у П. Дорошенко обострились отношения с Москвой. Еще в 1667 г. он посылал листы на Левобережье с призывами собрать общую украинскую раду и объединить Войско Запорожское под протекцией султана, изгнать поляков и россиян с украинской земли. Летом 1667 г. началось массовое показачивание населения Левобережья и его стихийный протест против гетмана И. Брюховецкого. В феврале 1668 г. вспыхнуло восстание против России, которое поддержал сам И. Брюховецкий. Уже к марту восстание на Левобережье победило: небольшие российские гарнизоны были блокированы в Нежине, Чернигове, Переяславле, Остре, а черниговский полковник Д. Многогрешный открыто призывал П. Дорошенко вступить на левый берег Днепра и объединить Украину. В апреле 1668 г. Турция заявила о принятии левобережной части Украины под свою протекцию во главе с гетманом П. Дорошенко.
Наступление московских войск во главе с Г. Г. Ромодановским на Северщине в конце апреля вынудило П. Дорошенко ускорить выступление на левый берег: он переправился с армией в мае 1668 г. и встал лагерем под Говтой. Нарушая свои прежние обязательства, И. Брюховецкий игнорировал требование П. Дорошенко сложить гетманство в свою пользу, рассчитывая при поддержке Крыма самому добиться гетманства над всей Украиной. Полагаясь на численное преобладание своей армии, И. Брюховецкий в середине июня 1668 г. подступил к лагерю П. Дорошенко. Однако среди левобережных полков вспыхнуло возмущение против своего гетмана и он был убит разъяренными казаками. Тут же была собрана казацкая рада, которая провозгласила П. Дорошенко гетманом «обоих берегов Днепра». Гетман последовал на Северщину, где разгромил армию Г. Г. Ромодановского возле Охтырки. Все Левобережье было освобождено от российских войск, а киевский митрополит распорядился поминать в украинских церквях не царя, а гетмана Петра.
Раскол на Правобережье
Объединению Украины сильное противодействие оказывали Речь Посполитая, Крым и Россия. Так, в июне 1668 г. поляки начали наступление на Кальницкий и Поволочский полки, поддержали притязания М. Ханенко на гетманство. Татары и запорожцы грабили население Правобережья, захватывали ясырь. Это вынудило П. Дорошенко поспешно выступить на правый берег, чем не преминула воспользоваться Россия: она попыталась договориться с гетманом о переходе в российское подданство, но затем сделала ставку на левобережную старшину и пошла на долгосрочный компромисс с нею. Так, старшине были гарантированы широкие права и гетманом на Генеральной раде в Глухове (март 1669 г.) был избран Д. Многогрешный.
В большей степени, чем внешние силы, содействовали Руине Украины внутренние распри и борьба за власть в старшинской среде. Автор анонимного трактата «Упреждение Украины» 1669 г. отмечал, что «казаки сами Украину загубили и до опустошения довели своим нерадением». Была наполнена распрями рада, собранная П. Дорошенко в марте 1669 г. под Корсунем при участии делегатов от Левобережья и Запорожья, а также турецкого, польского и молдавского послов. Под угрозой гетмана отказаться от булавы казаки согласились на протекцию турецкого султана, хотя присягнул лишь гетман с ближайшим окружением.
Летом 1669 г. положение П. Дорошенко еще более осложнилось. Крым нарушал присягу и султану, и гетману, поддерживал мятежников во главе с П. Суховеенко. Поляки воевали с Украиной и также поддерживали мятежников, проча гетманство М. Ханенко, который на раде в марте 1669 г. выступил против подданства турецкому султану. Россия пошла на компромисс с левобережной старшиной и заручилась симпатиями украинцев Правобережья. Осенью 1669 г. армия П. Дорошенко во главе с наказным гетманом Я. Корицким перешла на левый берег Днепра. К ней примкнули Миргородский, Лубенский и Полтавский полки, но в сражении под Лохвицей в октябре 1669 г. левобережный гетман Д. Многогрешный разгромил силы Я. Корицкого. В январе 1670 г. уже наказной гетман Я. Лизогуб по приказу П. Дорошенко снова вторгся на левый берег Днепра и вновь, не встретив поддержки у местного населения, вынужден был вернуться. Неудачно также закончились переговоры с Речью Посполитой: в октябре 1669 г. было достигнуто соглашение о работе примирительных комиссий в г. Остроге, однако поляки отказались принимать требования П. Дорошенко (признать границы Украины по р. Горынь; ликвидировать унию и подтвердить права православной церкви; превратить Речь Посполитую в триединую федерацию — Польша, Литва и Украина; запретить польским и литовским войскам вступать на территорию Украины; открыть академии в Киеве и белорусском Могилеве). В начале сентября 1670 г. поляки заключили с М. Ханенко соглашение в Остроге, по которому Украина лишалась всех прав автономии, подтверждались лишь права православной церкви, вольности собственно реестровых казаков и объявлялась амнистия всем участникам борьбы против Короны Польской. У М. Ханенко нашлось немало сторонников, и в 1672 г. он был объявлен главой польско-украинского войска в Украине.