По итогам российско-турецкой войны 1768—1774 гг. Османской империи в Северном Причерноморье было нанесено сокрушительное поражение. Кючук-Кайнарджийский мирный договор 1774 г. обеспечил России присоединение земель между Южным Бугом и Доном до Черного и Азовского морей и Перекопского перешейка. Крым становился независимым от Турции, что позволяло России вмешиваться во внутренние дела ханства и ставило вопрос о его поглощении империей. Россия удерживала ряд крепостей (Керчь, Еникале, Азов, Кинбурн), что лишало своего значения как Днепровскую укрепленную линию, так и Сечь.
В начале 1775 г. для России стало нецелесообразным существование Запорожья как форпоста и буфера на юге страны. В апреле 1775 г. Екатерина II приняла принципиальное решение об окончательном упразднении Запорожской Сечи. Деятельно направлял ее инициативу наместник в Малороссии Г. А. Потемкин. Для ликвидации Сечи было привлечено до 100 тыс. российских солдат и донские казачьи полки, которые возвращались с театра боевых действий с Турцией и Крымом. Под командованием генерал-поручика Петра Текели в июне 1775 г. 10-тысячная российская армия окружила Новую Сечь и была затребована капитуляция сечевиков. В Сечи находилось 3 тыс. старых казаков, которые после бурных споров на созванной раде решили сдаться на милость царского генерала. Часть сечевой старшины, в том числе кошевой атаман П. Калнышевский, судья П. Головатый и войсковой писарь И. Глоба, были сосланы в Сибирь.
В августе 1775 г. последовал императорский манифест, согласно которому само название «запорожский казак» было поставлено вне закона и его употребление расценивалось как оскорбление императорской власти. Область Запорожского Коша вошла в состав Новороссийской и Азовской губерний. Важным мероприятием правительства по упрочнению своего контроля над новыми землями стала раздача в прежних владениях Запорожья имений российскому дворянству: К. Разумовский получил 35 тыс. десятин, Г. А. Потемкин — 150 тыс., А. А. Вяземский — 200 тыс. Сечевики должны были либо записаться в один из двух иррегулярных пикинерских полков, либо перейти в мещанское или крестьянское сословие.
Задунайская Сечь и основание Черноморского казачьего войска
Большая часть сечевиков (свыше 9 тыс.) бежала в Османскую империю и осела возле Очакова. Российское правительство пыталось убедить казаков вернуться, но те получили от султана земли в устье Дуная и Днестра и основали в 1775 г. Задунайскую Сечь, существовавшую в 1775— 1828 гг. По своему устройству она копировала Запорожскую Сечь. Казаки получили права владения землями, а также организации промыслов и торговли, за что предоставляли султану 1-тысячный отряд в помощь во время войны. Проблемными стали отношения запорожцев с «некрасовцами» — потомками донских казаков, которые бежали во владения султана в 1708 г. после поражения восстания К. Булавина. Во главе с Игнатием Некрасовым они поселились на Кубани, но под натиском российской армии в 1739 г. переселились в устье Дуная. Здесь две группы казаков постоянно конфликтовали, особенно из-за мест для рыболовных промыслов.
Чрезвычайно обострились отношения между сечевиками и некрасовцами во время российско-турецкой войны 1787—1791 гг. Часть запорожцев покинула Задунайскую Сечь и переселилась в Россию, где из них в 1788 г. было сформировано Войско верных казаков. Для него отводились земли между Южным Бугом и Днестром с административным центром в г. Слободзея. Атаманом был избран Сидор Белый, а после его гибели при осаде Очакова в июне 1788 г. атаманом стал Захарий Чепега. Однако бразды реального управления находились в руках «начальника Малороссии» князя Г. А. Потемкина. В 1790 г. «верные казаки» проявили себя при взятии Измаила, а в 1794 г. — при подавлении восстания Т. Костюшко и штурме Варшавы.
В 1790 г., в связи с переселением «верных казаков» на Черноморскую пограничную линию (сначала на р. Ея, а затем на правый берег Кубани от устья р. Лабы до Азовского моря), Войско верных казаков было переименовано в Черноморское казачье войско. Под таким названием оно существовало до 1860 г., когда было переименовано в Кубанское казацкое войско. В Черноморском казачьем войске сохранялись многие запорожские традиции: выборность старшины, подразделение на курени (их насчитывалось 40). В 1795 г. были введены Правила для управления Черноморским казачьим войском, согласно которым создавались пять округов, которые копировали систему прежних паланок. Кроме того, с 1801 г. существовало разделение на полки (их насчитывалось 20). Быстро росла численность нового казачьего войска: если в 1792 г. насчитывалось до 14,5 тыс. поселенцев, то в 1801 г. их было уже 32,6 тыс.