Одновременно самозванец клеймил вместе с покойным Борисом Годуновым Марию Григорьевну и ее сына Федора Борисовича Годунова. Марию Григорьевну и ее сына Федора он обвинял в том, что «они о нашей земле не жалеют, да и жалети было им нечево, потому что чужим владели». На Федора была возложена вина за разорение Северской земли, хотя разоряли ее еще при жизни Бориса наемники самозванца и русские воеводы примерно с равным усердием. При этом бояр Лжедмитрий оправдывал, поскольку был крайне заинтересован в их поддержке — им объявлялось полное прощение. Толпа, как это часто случалось на Руси, слушала обличения, воспринимая их не столько разумом, сколько смутными надеждами на возможность какого-то улучшения при новой власти. Нового «государя» приветствовали криком: «Дай, Боже, чтобы истинное солнце снова взошло бы над Русью!»
В Кремле, где собрались высшие чины государства и Боярская дума, тоже царила растерянность. Кремль легко было приготовить к обороне и таким образом переломить ситуацию. Но то ли юный царь Федор промедлил, то ли ему не дали осуществить это бояре, среди которых было слишком много врагов Годуновых. Особенно активную антигодуновскую деятельность развил Богдан Вельский, незадолго до того возвращенный из изгнания.
Толпа, собравшаяся на площади, потребовала к ответу всех бояр и в первую очередь, конечно, Годуновых. И теперь, уже не обращая внимания на возражения царя, бояре один за другим стали отправляться на площадь: одни из желания отомстить Годуновым, другие из страха, что их выведут на Лобное место силой. Бояре уговаривали толпу разойтись, обещая разобраться в просьбах простонародья. А тем временем, видимо, казаки Корелы разбили двери тюрем и выпустили на свободу и заключенных там врагов Годуновых, и просто уголовных преступников. Именно они, появившись на Красной площади, возбудили в толпе и желание расправиться с Годуновыми, и просто пограбить, раз представлялась такая возможность. Казаки Корелы и примкнувшие к ним освобожденные из тюрем, а также из собравшейся на площади толпы, «и от дворян с ними были», ворвались в Кремль, где «государевы хоромы и царицы-ны пограбили». Тем временем другая часть толпы устремилась грабить дворы Годуновых. Заодно грабили дворы и других бояр, дворян и дьяков. Патриарх Иов пытался остановить толпу, но ничего не смог добиться, а вскоре его отправили в ссылку
Где и когда схватили Федора Борисовича и его мать Марию Григорьевну — точных сведений нет. Но у В.Н. Татищева в «Истории Российской» приводится дата расправы с Годуновыми: 10 июня. Татищев пишет: «Князь Василий Голицын и князь Василий Масальской, взяв с собою Михаила Молчанова да Андрея Шелефединова, пришел в дом царя Федора Борисовича, роз-ведчи царицу с детьми по особым избам, перво ее задавили и потом стали сына давить». Татищев передает текст, близкий к «Новому летописцу», в котором есть некоторые подробности убийства юного царя и его матери, а также тот факт, что тело царя Бориса Годунова из Архангельского собора Кремля перезахоронили в Варсонофьевском монастыре. (Надо иметь в виду, что «Новый летописец» был написан в 1630 г. По другим источникам, тело Бориса было перенесено 5 июня, до убийства царевича и его матери.) Сестру Бориса Ксению постригли в монастырь и сослали во Владимир в «Девичь монастырь».
Получив известие о перевороте в Москве, Лжедмитрий перебрался в Тулу, где ожидал дальнейшего развития событий. Из Тулы он направил в Москву обращение, в котором требовал, чтобы к нему явились Мстиславский и другие видные бояре. Но Боярская дума отправила «второй эшелон», в который входили И.М. Воротынский, не имевший отношения к думе, князь Н.Р Трубецкой, князь A.A. Телятевский, Н.П. Шереметев и представители нижних чинов дворян и приказных людей, а также гостей.