В конечном счете к суду решили привлечь братьев Шуйских и некоторых в политическом отношении мало значимых лиц. Для устрашения населения подвергли публичной казни дворянина Тургенева. Но уже через несколько лет его стали прославлять (в частности, это проявляется у Авраама Палицына) как нового мученика, обличавшего «вора». Купец Федор Калачник, согласно преданию, шел на казнь, громко проклиная «царя» как антихриста и посланца сатаны и что поклоняющиеся ему от него же и погибнут. Многих из простонародья, как сообщает Исаак Масса, тайно по ночам пытали, убивали и губили.
Казнь Шуйских была назначена на 30 июня. Лжедмитрий спешил, не слишком заботясь об обоснованности обвинений. Дело в том, что даже в Польше знали, что в случае прекращения династии рода Владимирских князей, первенство должно было перейти именно к Шуйским как тоже Рюриковичам. К тому же Василий Шуйский единственный из бояр не поехал на встречу самозванца в Серпухове.
Самозванец, однако, не мог просто расправиться с Шуйскими, поскольку по договоренности с боярами в осуждении боярина же должна участвовать и Боярская дума. Был устроен соборный суд с участием бояр, духовенства и представителей других сословий. Привлечение представителей низших сословий должно было нейтрализовать попытки бояр защищать своего, уважаемого думой коллегу.
Примечательно, что с обвинительной речью на суде выступил сам Лжедмитрий. Очевидно, в столь ответственном деле П. Басманов и его единомышленники могли встретить жесткое неприятие со стороны собора, в особенности как раз Боярской думы. В длинной речи самозванец совершил экскурс в историю и доказывал, что Шуйские всегда изменяли московским царям. По его подсчетам, Иван Грозный семь раз намеревался казнить Шуйских, а Федор Иванович казнил дядю Василия Шуйского. На других бояр самозванец бросать тень предусмотрительно не стал. Никакого суда на соборе, по существу, не было: просто приняли на веру заявление Лжедмитрия, что Шуйские (и только они) готовили заговор против «царя». Убийства и казни, предварявшие суд, парализовали Боярскую думу, и никто из бояр не выступил в защиту Шуйских. А «на нихкричаху» патриарх Игнатий, Б.Я. Вельский, П.Ф. Басманов, М.Г. Салтыков и члены путивльской «думы».
Василий Шуйский избрал в этой ситуации не путь защиты, а путь покаяния. Он признает обвинения: «Виноват я тебе... царь государь: все это я говорил, но смилуйся надо мной, прости глупость мою!» Также смиренно он просил бояр и патриарха сжалиться и просить о милости царя.
Собор приговорил Василия Шуйского к смертной казни, а его братьев к заключению в тюрьму. Все было приготовлено для казни, и новый глава Стрелецкого приказа П.Ф. Басманов опоясал стрельцами всю площадь, казаки и поляки заняли Кремль и другие важные объекты. Басманов выехал на середину площади и прочел приговор думы и собора, а палач подвел осужденного к плахе, в которую был воткнут топор, и сорвал с приговоренного одежду. И здесь Шуйский с плачем молил о пощаде. Басманов жаждал крови, но самозванец, почувствовав недовольство в народе, прислал гонца, а затем дьяка, который объявил о помиловании. Один из сподвижников Лжедмитрия С. Борша позднее объяснял решение «царя» просьбами Боярской думы, высказанными после собора, а без поддержки Боярской думы такие решения не принимал никто из предшественников Лжедмитрия.
Все имущество Шуйских и их владения были конфискованы. Василий и его братья были отправлены в тюрьмы в пригородах Галича Мерьского. Но сторонникам самых жестких мер Лжедмит-рий навстречу все-таки не пошел, справедливо полагая, что таким путем он лишь увеличит количество своих врагов. Особенно нетерпеливого Богдана Вельского самозванец произвел в бояре, но отправил на воеводство в Новгород, дабы не выслушивать постоянно советов бывшего усердного опричника.
Главной задачей на первых порах Лжедмитрий считал